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GROMACS分析命令(二):do_dssp计算蛋白二级结构
GROMACS程序调用第三方软件DSSP,从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序,必先安装好DSSP软件。安装DSSP完毕后(/home/user/sof...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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VMD使用教程(三)
VMD中的原子选择方法VMD提供了非常丰富的原子选择方法,可以实现非常复杂的原子选择问题。但语法上基本上是keyword+逻辑运算+通配符+数学表达...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
236
水结冰模拟及TIP4PICE水模型使用
以下文章来源于网络,如有侵权,请联系管理员删除!本教程内容适用于Gromacs,包括:1.TIP4P/ICE水模型导入方法;2.冰水建模;转换TIP3P(SPC/E)...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1084
Gromacs结合自由能计算教程(三)
以下文章来源于网络,如有侵权,请联系管理员删除!一、准备拓扑文件对于一个有一定经验的分子模拟工作者而言,应该知道如何准备拓扑文件。如果...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
776
ubuntu-win-双系统安装包及教程
对于GROMACS用户来说,linux系统是必备的。那么如何轻松又快速的安装linux系统呢,下面给大家总结了方法。为什么不推荐大家安装虚拟机来安装l...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1809
linux版本vmd安装方法
做计算模拟,免不了要用到vmd这款非常强大的工具,为了避免在win和linux两个系统之间来回切换,可以直接安装linux版本的vmd,在命令窗口直接运...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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LigPlot显示对接后配体与受体相互作用的二维图
通过LigPlot软件制作蛋白质分子与配体分子相互作用图像,点击菜单栏“File-Open-PDBfile”打开PDB文件打开窗口。(获取LigPlot安装包和手册,...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
292
生成小分子力场TOP(ITP)文件(四):生成charmm力场
Charmm力场介绍和安装Charmm力场由哈佛大学MartinKarplus教授(MartinKarplus教授2013年诺贝尔化学奖得主)所建立发展的。此力场可应用于研究...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1077
关于范德华力的一些知识
范德华力的定义是十分模糊的,以至于不同领域给出的答案可能有很大出入,我们国内教材上所说的范德华力大致都是这么说的:“范德华力是一种分...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1688
什么是相空间?
1.相空间(phasespace)相空间是以位置和动量(q,p)为坐标的一个二维空间,通常用符号表示。该位置和动量坐标等同于统计力学中常用的广义的(...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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