杂质扩散与载流子激发计算案例说明，复刻《 PHYSICAL REVIEW B 》学术文献
在研究过程中，很多初学者苦于不熟悉做一个具体流程，而最好的学习方法就是跟着经典例子摸索一遍，这将增加学习效率，更快得补齐知识短板，发现新的研究方向。
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本教程以 Si 中 Au 原子的扩散和载流子激发为例，主要展示 TDDFT 计算案例及其数据处理
1. 准备结构文件 atom.config
案例中采用了 64 个硅原子的超胞，首先进行 ps 级的 MD 计算，使体系达到热平衡状态。之后在超胞中增加一个金原子杂质，并给其相应的初始速度：
79 -0.006831760000000 -0.006831760000000 0.006831760000000
由该速度（单位是 Bohr/fs）可算出其动能。
2. 准备输入文件，进行 TDDFT 计算
a) etot.input 如下
模拟采用 NVE，总时长 600 fs，步长 0.1 fs，温度为 550 K
b) 赝势文件与 pbs 脚本文件
3. 计算与结果处理
a) 查看重要时刻的结构
T = 0 fs 为初始时刻，将结构用 config2poscar.x 转化为 POSCAR 格式可以
在 vesta 中查看，在 MOVEMENT 中 t = 200 fs 时的结构导出，同样用 vesta查看，如下图：
i. 初始，t=0 fs 时，金原子位于 T 位(T 位是 Au 原子最稳定的位置)。
ii. t=200 fs 时，金离子位于 H 位(H 位是 Au 离子最稳定的位置)。
金原子扩散路径：T 到 H
b) plot_TDDFT.x
i. 得到 plot.TDDFT.E，即不同能级能量随时间的演化，如下图中四条能级(band 137-140)所示。
得到 plot.TDDFT.DOS，即不同能级（band 137-140）上激发的电子数的变化情况，在上图中标记为橙色，附着于对应的能级上。不同能级上电子数随时间的变化，如下图所示。Band 137 为 VBM，band 138 为defect level 1， band 139 为 defect level 2， band 140 为 CBM。
ii. 在初始时刻，金原子位于 T 位，杂质能级 1（defect level 1）上占据一个电子，导带（CB）上为空。随着金原子扩散至 H 位，金原子电离，杂质能级 1 上的电子经过杂质能级 2 最终转化到导带上，实现了动力学的施主过程。
iii. 处理 MOVEMENT 中 Au 原子坐标随时间的变化，得到金原子运动距离与时间的关系图。（下图来自文献 PHYSICAL REVIEW B 100,165203 (2019)）。
