GROMCS外部电场的使用以及升温退火的设置
如何添加外部电场
在数据产出的mdp文件中添加如下关键字即可：
E-x = 1 10 0其中的x代表在x方向加一个电场；第一个数字为余弦的数目, 因为只实现了单个余弦项(频率为0), 所以输入1即可；第二个数字为电场强度10 V/nm；第三个数字为任意数字。
在数据产出的mdp文件中添加如下关键字即可：
E-x = 1 10 0E-xt = 1 100 0
E-xt中, 第一个数字也是余弦项的数目, 后面跟着每个余弦项的频率omega和相位phi, 但源码中没有使用phi, 所以只有设定的omega有意义, phi可以随意给个数字；上诉为设置强度为10 V/nm, 频率为100 ps-1(即100 THz)的余弦电场。
在数据产出的mdp文件中添加如下关键字即可：
E-x = 1 10 0E-xt = 3 100 0 0.1 0 0.01 0
高斯脉冲的数学表达式为：
E-xt的第一个参数必须为3, 且后面跟着6个数字, 分别是omega 任意数字 t0 任意数字 sigma 任意数字。上诉设置强度为10 V/nm, 频率为100 ps-1(即100 THz), 脉冲中心0.1 ps, 方差0.01 ps的高斯脉冲电场。
当在mdrun运行这一步时，可以指定选项-field, 和指定一个.xvg文件, 里面记录每一步电场的大小, 默认名字为field.xvg。可以用个文件查看所加的电场是否是正确的。
在数据产出的mdp文件中添加如下关键字即可：
annealing = singleannealing-npoints = 4annealing-time = 0 2000 3000 4000annealing-temp = 298 360 360 298
annealing为退火的设定：no 不做退火；ingle单次退火，若模拟的总时间比单次退火最后的时间（annealing-time）长，则后面的时间会一直保持这个温度模拟；periodic每次达到退火点时候又会从最初的退火点温度从新开始，反复周期性的循环直到模拟时间结束。
annealing-npoints退火点的数目，annealing-time设了几个时间点，annealing-npoints就是其个数。
annealing-time、annealing-temp退火时间和退火温度，必须一一对应。上述设置为0到2000ps时候温度从298k线性升温到360k，然后2000ps到3000ps时候温度保持360k不变，3000ps到4000ps温度又从360k下降到298k。annealing-time最后的时间必须小于等于模拟的总时间。
