有时候我们关系分子内某个或者某些相同的角度、二面角的度数分布情况，可以使用GROMACS的gmx angle工具统计。 如果只有一个键角需要统计，则新建一个名为ang.ndx的索引文件，里面手动输入该键角的全局ID，格式如下： 上述即统计的是以2号原子为中心的4、5原子之间的角度。从该索引文件可以看出，4、2、5号原子不一定非要是有键链接，即任意三个原子之间的形成的角度均可以计算。 如果有一些列角度需要统计，则继续在ang.ndx里面添加形成角度的序号即可，如： gmx angle -f md.xtc -n ang.ndx -od angdist.xvg -ov angaver.xvg
生成的angdist.xvg文件记录的是这个/这些角度的分布概率，angaver.xvg文件记录的是这个/这些角度的平均值随模拟时间变化情况。 注：如果ndx添加了多个角度的原子ID，则输出的结果是这些所有角度的总的分布概率。 统计二面角分布和上述键角分布概率相似，仅仅是在ndx文件里面写上4个原子的编号，如新建一个：dih.ndx的文件，里面写入： 上述即为计算以2、3号原子为共边，4、5分别为面的二面角分布。即：4、2、3号原子组成一个面，2、3、4号原子组成另一个面，这两个面之间的角度。 同样的，如果有多个相同的二面角需要统计，则添加相应的原子ID即可，如： [ dih ]4 2 3 56 7 9 1123 34 12 8
注：如果ndx添加了多个二面角的原子ID，则输出的结果是这些所有角度的总的分布概率。 然后运行下面命令，下面命令多了一个：-type dihedral 指令，即让程序计算的是二面角： gmx angle -f md.xtc -n dhi.ndx -type dihedral -od angdist.xvg -ov angaver.xvg
生成的angdist.xvg文件记录的是这个/这些二面角的分布概率，angaver.xvg文件记录的是这个/这些角度的平均值随模拟时间变化情况。
