重水（D2O）的ITP文件制作
1、 查找文献，找到重水的LJ参数以及电荷参数。
本案例参数来源这篇文献：
J. Chem. Phys. 114, 8064 (2001);https://doi.org/10.1063/1.1359183
里面给出了重水的参数：
注意这些参数的公式是否是和拟采用的力场公式一致。该文献的LJ参数公式如下：
和oplsaa力场一致，且参数单位也符合GROMACS默认单位，所以可以直接用。需要注意的是上面的LJ参数是O-O之间的。一般来说H-H之间的LJ参数都是0.
2、 制作重水的ITP
从oplsaa.ff文件夹里拷贝一份spc.itp文件，并重命名为spc_HW.itp，把type、atom、charge更改为下面所示。charge即为上述文献中的值。
[ atoms ]; nr type resnr residue atom cgnr charge mass1 opls_116D 1 SOL OD 1 -0.8702 opls_117D 1 SOL DW1 1 0.4353 opls_117D 1 SOL DW2 1 0.435
其他不变。
3、 更改ffnonbonded.itp文件
在ffnonbonded.itp文件末尾加入如下原子类型，注意重水的D质量为2.01410。
opls_116D OD 8 15.99940 -0.870 A 3.71200e-01 3.42800e-01opls_117D DW 1 2.01410 0.435 A 0.00000e+00 0.00000e+00
4、 模拟时候在top里面调用更改后的spc_HW.itp和oplsaa.ff力场即可。添加的gro文件依然使用spc的gro（spc216.gro）。
注意:模拟时候会有原子名不匹配的警告，忽略即可。
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首次发布时间：2024-09-08
最近编辑：1月前
博士
分子动力学、GROMACS
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