如何模拟有机分子晶体

对于有机分子晶体结构的模拟来说，生成其分子的itp结构需要一定的技巧。不然生成的分子itp原子顺序就和分子结构对不上。下面介绍最简单的方法：

1）使用MS打开分子晶体，然后导出为car格式

2）再次使用MS打开刚导出的car结构，然后扩胞或者切面成自己所需的结构：

3）再次保存为pdb结构。此时，结构文件里面的原子顺序即按照每一个分子顺序排列。可以看到pdb里面残基号已经按照分子排列了：

4）复 制1号残基内容，新保存为一个pdb文件，此pdb文件即为单个分子的，然后使用生成有机小分子itp的方法生成该分子的itp文件。

5）在保存的pdb文件，下拉到末尾，查看该pdb里面含有多少个有机分子，即可写入总的top文件里面。此处有108个：