培训重点：
1、GROMACS 基础及入门操作
2、GROMACS 建模计算
3、GROMACS 数据分析
4、高级力场建立、建模分析、数据分析
培训目标：
课程不仅系统全面地讲解了模拟技术和 GROMACS 软 件的各个方面，还特别强调了实战经验和技巧的传授。对于已经具备
一定分子动力学和 GROMACS 经验的研究者，本次培训更是一个提高和 巩固的机会，帮助有经验的研究者填补知识空白，提升研究水平。此 外，对于需要使用 AMBER、NAMD、LAMMPS 等其他动力学程序的学者， 本课程同样具有极高的价值，因为不同程序所需的基础知识和理论在 很大程度上是相通的。通过本培训，学员将能够快速掌握 GROMACS 的 使用，为学习其他动力学模拟程序打下坚实的基础。
适合人群：
1、研究分子动力学高校师生
2、研究分子动力学工程师
3、GROMACS软件使用和应用者
培训场次：
| 名称 | 授课方式 | 增值服务 | 时间 |
|---|---|---|---|
| 名称 9月20-22日（成都） | 线下面授3天 | 时间 长期招生 |
培训简介：
在 2024 年 8 月 25 日 前 报 名 缴 费 可 享 受 400 元 早 鸟 优 惠价；
本次培训课程专为不同阶段的学习者设计，旨在帮助初学者快速 掌握分子动力学模拟的基础知识，并为有经验的研究者提供更高层次 的提升 。课程内容全面而系统，不仅深入讲解了分子模拟技术及 GROMACS 软件的各个方面，还融入了丰富的实战经验和技巧。
课 程 | 内 容 |
第一天 上午 GROMACS 基础 | 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有 余 1.1 基本假设 1.2 主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法 1.3 积分步长的选取 1.4 温度和压力控制 1.5 周期性边界条件 1.6 分子动力学模拟流程 |
第一天 下午 GROMACS 入门操 作 | 1 GROMACS 入门操作基础 1.1 Linux 命令入门基础——熟练掌握 GROMACS 所用的 Linux 命令 1.2 GROMACS 的 win 版 linux 版编译安装——学会编译方 法，针对自己体系编译软件 1.3 GROMACS 涉及的各种输入输出文件参数介绍 1.4 GROMACS 力场介绍——深度探究力场具体形式，为以 后创建自己体系做准备 OPLS 为例，力场的各种参数说明
2 GROMACS 建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎 实的技术基础 2.1 Packmol，GaussView，VMD 等建模软件的使用 2.2 建立各种体系模型 混合模型、界面模型、球体模型等 |
2.3 小分子各种力场 TOP 文件的建立 itp, top 的构建以及参数说明 2.4 建立均相、多相体系 2.5 如何修改力场参数
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第二天 上午 GROMACS 建模计 算 | 1 GROMACS 计算实例——熟练掌握 GROMACS 计算一整套流 程 1.1 纯相、多相混合体系模拟计算 冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等 乙醇等极性溶剂 石油化工领域等、聚合物分子等 1.2 界面模拟计算 气液界面、固液界面、油水界面 表面活性剂的界面模拟 添加虚拟墙 1.3 物理场下的模拟计算 静电场、微波场、高斯脉冲场 1.4 石墨烯、纳米管、二氧化硅的建模模拟 掌握周期性体系建模方法 |
第二天 下午 GROMACS 初级数 据分析 | 2 GROMACS 数据分析 2.1 GROMACS 初级分析工具运用 径向分布函数（RDF） 离子配位数 |
扩散系数 介电常数 2.2 各种能量性质计算 各个方向密度、压力、表面张力、势能 2.3 氢键相关性质计算 平均氢键个数 平均氢键寿命 氢键自相关函数 2.4 结构分布、四面体参数 2.5 计算键角和二面角的分布 用 make_ndx 建立索引 2.6 计算二维的平面或轴径向密度 2.7 空间分布函数的绘制
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第三天 上午 高级力场建立 | 1 使用 AmberTools 建立分子 GAFF 力场 学会使用 ambertools 工具 学会力场自定义构建方法 2 用量子化学方法拟合力场参数，构建属于自己体系的 力场 对二面角这种重要的参数进行拟合 3 粗粒化力场的建立，可使用更大体系模拟更长的时间 长度。 高分子粗粒化、蛋白膜粗粒化 可使体系达到介观尺度 模拟时间达到微秒级 更准确预测蛋白、高分子等体系的性质 4 非标准残基力场构建 实际模拟中，遇到很多非标准残基氨基酸 学会此方法，可以轻松处理这些非标准残基力场 |
第三天 下午 高级建模分析 | 1 蛋白体系、生物大分子建模仿真 掌握生物大分子建模方法 2 蛋白配体复合物建模仿真 学会处理蛋白配体 itp 以及合并复合物 3 表面活性剂构建和模拟 学会构建界面体系 4 生物膜构建和模拟 学会构建膜蛋白、细胞膜吞噬纳米颗粒建模模拟 5 拉伸模拟（应力应变） 学会计算材料形变的相关性质 6 不同 PH 下蛋白建模模拟 学会特定 PH **系建模和模拟 7 高分子体系建模和模拟 能够构建线性聚合物、无规共聚物、交联聚合物的建模 和模拟方法
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第三天 下午 高级数据分析 | 1 GROMACS 高级分析工具运用 1.1 RMSD 分析 1.2 抽取性质数据 1.3 计算回转半径 1.4 计算平均结构 1.5 计算结合自由能 1.6 轨迹的处理: trajconv、g_traj (重点，为以后写代 码分析提供支持) 1.7 VMD 使用：查看模拟轨迹, 结果分析，生成高质量 发表的图片 2 分析轨迹代码编写 bash 脚本 python 脚本 |
