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Gromacs—AI助手，开始你的智能模拟之旅
在分子动力学模拟领域，Gromacs是一个强大的工具，它允许科学家模拟蛋白质、脂质以及核酸等生物分子的动态行为。然而，对于初学者和非专业用户...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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GROMACS计算结合自由能之自由能微扰
分子动力学模拟主要可以计算平衡态过程中一些热力学数据，而自由能的计算是目前研究人员最为关切的问题之一。精准地计算结合自由能，一方面可...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
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分子动力学原理与蛋白配体GROMACS建模仿真（1月10日）
导读：GROMACS是用于研究生物、化学、物理等学科中分子微观机理的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液...
仿真圈
技术圈粉 知识付费 学习强国
6282
通过使用Gromacs和MM-PBSA计算结合能
关键词：Gromacs、MM-PBSA、结合能、受体、配体当前，Gromacs已经被广泛应用在生物，材料等领域的模拟计算，其便捷、灵活等特点受到广泛研究人...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
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Marvin Sketch注册及下载
【1】官网MarvinSketch是ChemAxon的产品。此处给出MarvinSketch的官网下载地址传送门。贴主是在官网下载的，所以别的免费软件下载地址是否能用...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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基于Gromacs的蜘蛛毒素肽显性溶剂动力学分析
本文摘要（由AI生成）：本文介绍了在分子动力学模拟中，添加氯离子后需要重新运行grompp命令的步骤。文章还指导了如何在后台运行能量最小化任...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
13436
Gromacs模拟体系构建----进阶版
Gromacs是目前广泛使用的分子模拟软件，其在生物、材料等领域的模拟表现出较为突出的优势。之前，本号介绍过一系列体系的模拟以及gromacs的使...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
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GROMACS复杂体系构建之利用CHARMM-GUI工具
之前介绍过GROMACS中膜蛋白体系的构建。按照官方的介绍，通过将磷脂构象盒力场准备好，然后在模拟盒子内进行磷脂的组装，最后将蛋白嵌入在磷脂...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
9960
GROMACS计算蛋白-配体相互作用以及力场构建
小分子配体可以广泛应用在生物领域例如药物设计等，其中在生物应用领域，蛋白质是最为广泛的药物靶点。本文介绍一种建立力场的方式以及在蛋白...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
9374
GROMACS模拟分析-自由能形貌图的绘制
自由能形貌（freeenergylandscape，FEL）表征了模拟过程中蛋白质的自由能变化。自由能形貌图一般通过两个描述体系特征的量来进行绘制，例如RM...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
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