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Packmol的使用-构建分子动力学初始结构
以下文章来源于网络，若有侵权联系删除。Packmol简介Packmol是一个免费的、很有价值的构建分子动力学模拟初始结构的工具，非常流行。简单来说...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
793
GROMACS各种文件格式介绍
CPT文件：该文件为模拟断点文件（checkpoint，.cpt）。该文件为模拟过程固定时间间隔产生，保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1087
GROMACS如何使用其他水模型
进行分子动力学模拟，水分子十分重要，除非选择使用连续介质模型（implictitwatermodel）。水分子模型较多，选择这些模型要结合使用的力场，并...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1813
GROMACS中添加CHARMM力场
CHARMM力场提供了很多生物分子的力场参数，如蛋白质、脂质、核酸等，Gromacs中自带了CHARMM27力场，当然也可在Gromacs官网上下载到已转换成Gr...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
811
GROMACS分析命令（一）：eneconv能量合并以及分析
GROMACS有一个非常重要的能量输出文件，即edr文件。eneconv就是对GROMACS能量输出文件进行处理的程序。一个模拟可以分对次进行，于是得到很多...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
122
GROMACS分析命令（二）：do_dssp计算蛋白二级结构
GROMACS程序调用第三方软件DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好DSSP软件。安装DSSP完毕后(/home/user/sof...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
359
Gromacs联用GAFF力场处理水溶剂下小分子动力学
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同，AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场，如GAFF力场，简单而又有不错的精度，适合处理有机小分子；...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1648
Gromacs基于OPLS-AA力场的聚合物建模及模拟
本文内容包括：1.OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场；2.聚合物建模方法；3.Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法；4.聚合物PDB文件生成；...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
415
水结冰模拟及TIP4PICE水模型使用
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!本教程内容适用于Gromacs，包括：1.TIP4P/ICE水模型导入方法；2.冰水建模；转换TIP3P(SPC/E)...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1032
Gromacs结合自由能计算教程（一）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!分子模拟的一大用途就是对体系的平衡态进行模拟采样得到体系的某些热力学数据，其中的自由能...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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