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Gromacs结合自由能计算教程（二）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!如何计算自由能？续上回讲到的，上一章简要介绍了自由能计算的相关背景与炼金术热力学途径。...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1084
Gromacs结合自由能计算教程（三）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!一、准备拓扑文件对于一个有一定经验的分子模拟工作者而言，应该知道如何准备拓扑文件。如果...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
725
Gromacs结合自由能计算教程（四）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!本教程使用的分析脚本文献：JComputAidedMolDes(2015)29:397.https://doi.org/10.1007/s1082...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1376
Gromacs如何调用GPU加速计算
一、单节点使用多块GPU我拥有1个节点cn01，每个节点配有一块CPU（6核），两块GPU。启用1个mpi进程1个GPUmpirun-n1gmx_mpimdrun-ntomp6-gpi_id...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
256
ubuntu-win-双系统安装包及教程
对于GROMACS用户来说，linux系统是必备的。那么如何轻松又快速的安装linux系统呢，下面给大家总结了方法。为什么不推荐大家安装虚拟机来安装l...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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GROMACS模拟基础上线啦！
GROMACS模拟基础之补全缺失氨基酸或原子本次课程全面深入的讲解了多种补全缺失氨基酸和缺失原子的方法。课程目录第一节：如何补全氨基酸缺失的...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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生成小分子力场TOP（ITP）文件(四)：生成charmm力场
Charmm力场介绍和安装Charmm力场由哈佛大学MartinKarplus教授（MartinKarplus教授2013年诺贝尔化学奖得主）所建立发展的。此力场可应用于研究...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1035
一种适用于无机体系、金属体系、界面的力场
目前，对于GROMACS能用的力场来说基本上都是属于有机体系。虽然也发展了一些无机金属等原子的参数，但是模拟效果往往不乐观。Heinz团队开发出...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1557
GROMACS：粗粒化力场建立和模拟上线！
粗粒化分子动力学(CoarseGrainedMolecularDynamics,CGMD)方法是近几年来发展起来的一种可以在介观尺度上描述分子体系演变过程的计算机模拟方法...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2193
利用Pymol将周边图像虚化
FocalBlur是一个Pymol脚本可以创建非常cool的图像，将周边的的图像虚化，更加突出中心的object。虚化图片如下:使用方法：首先加载FocalBlur脚...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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