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生成DNA的pdb结构文件的方法
有时候知道DNA序列，但是无法获取其结构时候。可以使用下面方法简单的生成其螺旋结构的PDB文件。1、打开下面链接http://scfbio-iitd.res.in/s...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
646
什么是蛋白的Ramachandran图（拉氏图）
Ramachandranplot（拉氏图）是由G.N.Ramachandran等人[1]于1963年开发的，用来描述蛋白质结构中氨基酸残基二面角ψ和φ是否在合理区域的一种可...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
498
新课上线啦！
新课程上线啦！大家好，新课程上线啦，快来来看看吧~~GROMACS专题七：虚拟墙（基底）的实现GROMACS分析命令之盐桥的分析GROMACS专题七：虚拟墙...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
810
GROMACS如何处理二硫键
Groamcs中，在使用pdb2gmx命令生成生物体系的itp文件时，一定要注意检查目标体系中是否含有二硫键。如下图这个多肽中就含有二硫键，当有二硫键...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
381
Acpype安装
在使用AmberTools工具生成Gromacs的top文件时候，需要调用acpype转换。下面介绍其安装方法。1、下载acpype，在github上下载到本地，如下链接。...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
666
分子动力学模拟的时间尺度：从简单LJ势开始
（注：本文章来源于网络,如有侵权,请联系我们删除。）来源：模拟之家
刘十三613
分子动力学、GROMACS
694
二氧化硅-石墨烯-氧化石墨烯等周期性体系的构建方 法 上线！
GROMACS专题八：二氧化硅-石墨烯-氧化石墨烯等周期性体系的构建方法正式上线！对于周期性很强的一些有机分子、无机矿物等的模拟，其分子的itp...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2083
GROMACS里限制、冻结等参数的用法
在使用gromacs进行分子动力学模拟时候，我们常需要把某个原子、基团或者分子保持在固定位置，另一方面需要把分子中的某个键长、键角或者二面角...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1831
二级结构分析DSSP安装
GROMACS程序调用第三方软件DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好DSSP软件。不过目前DSSP网站有时候打不开，...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
303
生成小分子力场TOP（ITP）文件(五)：生成UFF力场
目前，在线生成UFF力场的网址已经不能访问，但是官方提供了一个离线版的obgmx程序可以使用。此离线版程序obgmx需要搭建openbabel环境。下面为...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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