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基于gromacs的副本交换动力学(REMD)
副本交换分子动力学(REMD)是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法，尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。它涉及在不同温度下模拟同一系统...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
8163
基于Gromacs进行膜蛋白体系的分子动力学模拟
随着近年来计算机算力的显著提升，计算机对于微观科学问题的解决发挥了非常重要的作用。目前理论、模拟和实验可谓解决科学问题的三辆并驾齐驱...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
9510
Gromacs分析处理-模拟前后蛋白结构差异对比图的制作
Step1：利用模拟得到的拓扑文件和估计文件，提取模拟前后的两帧结构1.gmxtrjconv-smd_test.tpr-fmd_test.xtc-ofirst.pdb-sep-b0-e0-pbcmol#提...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
6941
Gromacs通过伞状抽样的方法计算自由能
随着计算机技术的发展和计算能力的提升，以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目前的科学研究具有极大的促进作用。...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
7032
GROMACS模拟流程与力场构建
随着计算机技术的发展和计算能力的提升，以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目前的科学研究具有极大的促进作用。...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
6833
计算任意一点周围指定半径内的目标分子数密度分布
对于A、B两类分子来说，要统计A分子周围B分子的分布概率，可以计算RDF来表征，使用GROMACS的rdf命令工具即可计算。但是，如果想计算空间任意一...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
149
如何计算体系孔径分布、三维探针分布、连通性
本文摘要：（由ai生成）本文介绍了孔结构分析工具Zeo++和VisIt的安装与使用方法。Zeo++用于计算孔径分布、比表面积、孔体积等，而VisIt用于可...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
363
gromacs统计角度、二面角分布
统计角度、二面角分布Gromacs有时候我们关系分子内某个或者某些相同的角度、二面角的度数分布情况，可以使用GROMACS的gmxangle工具统计。1）统...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
181
GROMACS拉伸、剪切、压缩模拟
拉伸、剪切、压缩模拟Gromacs拉伸/剪切/压缩模拟在材料科学中的应用非常广泛，可以帮助研究和优化材料在拉伸过程中的性能。通过合理的模拟设置...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
915
GROMACS分子动力学模拟软件培训9月20-22日成都线下开讲
导读：8月29日，随着分子动力学模拟专家刘十三老师在仿真秀启动《北大博士后GROMACS分子模拟典型问题直播答疑》以来。由仿真秀优秀讲师——刘...
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