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GROMACS中MDP模板以及关键字讲解
一般来说，gromacs所用到的参数控制文件（mdp）基本上是大同小异的。仅需进行一些小小的更改即可。或者按照自己的体系进行微调。下面给大家提...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2116
GROMCS外部电场的使用以及升温退火的设置
如何添加外部电场GROMACS目前能支持的外部电场有静电场、交流电场、脉冲电场这三种类型的电场，还不支持使用磁场（对于非磁性体系，对磁场相应...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1022
氢键的小秘密和GROMACS计算氢键的原理
1、当氢与F、O、N形成共价键时，键结电子被吸引偏向F、O、N原子而带部分负电荷，此时氢形成近似氢离子(H+)的状态，能吸引邻近电负性较大的F、...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1477
如何添加力场中不支持（没有）的离子
当我们的体系中含有某种离子的时候，恰好选用的力场里面又不包含此离子的参数，程序就会报如下类似的错误：Atomtype**notfound出现这样的情况...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
921
Gromacs必备Linux基础命令
cd功能说明：切换目录语法：cd<name>cd/path/name/cd/转换到根目录cd~转换到家目录（即/home/name/）cd../转换到上一级目录cd-转换到上...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2114
生成小分子力场TOP（ITP）文件（一）：使用ATB网站
今天给大家讲解如何生成小分子的力场文件，生成小分子力场文件有很多方式，我们会以一个专题系列讲解。今天先给大家讲解如何用ATB网站生成。注...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
755
生成小分子力场TOP（ITP）文件(二)：生成oplsaa力场
一、使用MKTOP离线工具生成1、进入其官方网址，输入自己的信息之后，点击send。然后，在send按钮下面会出现一个蓝色的DownloadMKTOP，点击下载...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
113
生成小分子力场TOP（ITP）文件(三)：生成Amber(GAFF)力场
1、使用Gaussian和AmberTools工具1.1用GaussView建立分子结构图，保存为gjf文件，然后用高斯优化其分子结构。计算方法和基组根据分子特点以及...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
571
GROMACS之重启计算任务+续跑
模拟过程中机器意外断电怎么办？觉得模拟时间短想延长模拟时间怎么办?别急，请看下面内容。GROMACS模拟程序在模拟过程中，mdrun按照mdp文件在...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
202
TOP文件解读
非键参数非键参数包括vanderWaals参数V(c6或σ,由组合规则决定)和W(c12或ϵ),它们列在ffnonbonded.itp文件中,其中的ptype是粒子类型[*type]指...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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