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GROMACS：粗粒化力场建立和模拟上线！
粗粒化分子动力学(CoarseGrainedMolecularDynamics,CGMD)方法是近几年来发展起来的一种可以在介观尺度上描述分子体系演变过程的计算机模拟方法...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2334
利用Pymol将周边图像虚化
FocalBlur是一个Pymol脚本可以创建非常cool的图像，将周边的的图像虚化，更加突出中心的object。虚化图片如下:使用方法：首先加载FocalBlur脚...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
199
如何计算蛋白长宽高
1、shell进行读取代码如下:#!/bin/sh#x轴grep^ATOM$1|awk‘{print$7}’|sort-n|sed-n‘1p;$p’#y轴grep^ATOM$1|awk‘{print$8}’|sort-n|sed-...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
548
重水（D2O）的ITP文件制作
1、查找文献，找到重水的LJ参数以及电荷参数。本案例参数来源这篇文献：J.Chem.Phys.114,8064(2001);https://doi.org/10.1063/1.1359183里面给...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
234
Gromacs如何计算应力
Juan的课题组在gromacs源代码基础上开发出了可以计算应力的一个版本。安装好之后，把已经跑完的轨迹按照其教学文档方法rerun一遍，就可以用来...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
225
GROMACS专题六 ！上线了!
由于许多初学者遇到的错误多是由于对ITP、TOP等文件不了解所致，所以本课程详细讲解了GROMACS模拟所需文件ITP、TOP的格式内容。学习之后，可对...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1144
关于范德华力的一些知识
范德华力的定义是十分模糊的，以至于不同领域给出的答案可能有很大出入，我们国内教材上所说的范德华力大致都是这么说的：“范德华力是一种分...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1780
什么是相空间？
1.相空间（phasespace）相空间是以位置和动量（q,p）为坐标的一个二维空间，通常用符号表示。该位置和动量坐标等同于统计力学中常用的广义的(...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1096
计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法简介
【引言】计算材料学：“定做”材料的高级理论阶段计算材料学（computationalmaterialsscience），是以物理、化学、材料等学科知识为基础，以大...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1958
对氨基酸进行突变的简单方法
在动力学模拟蛋白、多肽过程中，有时候需要模拟某个氨基酸位点突变的情况。下面简单的方法对氨基酸进行突变，即使用WHATIF服务器。此方法不用...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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