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如何添加力场中不支持(没有)的离子
当我们的体系中含有某种离子的时候,恰好选用的力场里面又不包含此离子的参数,程序就会报如下类似的错误:Atomtype**notfound出现这样的情况...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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Gromacs必备Linux基础命令
cd功能说明:切换目录语法:cd<name>cd/path/name/cd/转换到根目录cd~转换到家目录(即/home/name/)cd../转换到上一级目录cd-转换到上...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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生成小分子力场TOP(ITP)文件(一):使用ATB网站
今天给大家讲解如何生成小分子的力场文件,生成小分子力场文件有很多方式,我们会以一个专题系列讲解。今天先给大家讲解如何用ATB网站生成。注...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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生成小分子力场TOP(ITP)文件(二):生成oplsaa力场
一、使用MKTOP离线工具生成1、进入其官方网址,输入自己的信息之后,点击send。然后,在send按钮下面会出现一个蓝色的DownloadMKTOP,点击下载...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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生成小分子力场TOP(ITP)文件(三):生成Amber(GAFF)力场
1、使用Gaussian和AmberTools工具1.1用GaussView建立分子结构图,保存为gjf文件,然后用高斯优化其分子结构。计算方法和基组根据分子特点以及...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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GROMACS之重启计算任务+续跑
模拟过程中机器意外断电怎么办?觉得模拟时间短想延长模拟时间怎么办?别急,请看下面内容。GROMACS模拟程序在模拟过程中,mdrun按照mdp文件在...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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TOP文件解读
非键参数非键参数包括vanderWaals参数V(c6或σ,由组合规则决定)和W(c12或ϵ),它们列在ffnonbonded.itp文件中,其中的ptype是粒子类型[*type]指...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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Packmol的使用-构建分子动力学初始结构
以下文章来源于网络,若有侵权联系删除。Packmol简介Packmol是一个免费的、很有价值的构建分子动力学模拟初始结构的工具,非常流行。简单来说...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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GROMACS各种文件格式介绍
CPT文件:该文件为模拟断点文件(checkpoint,.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生,保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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GROMACS如何使用其他水模型
进行分子动力学模拟,水分子十分重要,除非选择使用连续介质模型(implictitwatermodel)。水分子模型较多,选择这些模型要结合使用的力场,并...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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