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GROMACS里限制、冻结等参数的用法
在使用gromacs进行分子动力学模拟时候，我们常需要把某个原子、基团或者分子保持在固定位置，另一方面需要把分子中的某个键长、键角或者二面角...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2074
二级结构分析DSSP安装
GROMACS程序调用第三方软件DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好DSSP软件。不过目前DSSP网站有时候打不开，...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
468
生成小分子力场TOP（ITP）文件(五)：生成UFF力场
目前，在线生成UFF力场的网址已经不能访问，但是官方提供了一个离线版的obgmx程序可以使用。此离线版程序obgmx需要搭建openbabel环境。下面为...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
544
不同PH下蛋白和小分子的模拟
GROMACS专题十一：不同PH下蛋白和小分子的模拟GROMACS专题十一：不同PH下蛋白和小分子的模拟由于实际实验环境可能会涉及不同PH下的模拟，而目...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1401
GROMACS中的组概念
GROMACS的MD和分析程序可对用户自定义的原子组进行一些操作.组的最大数目为256,下面谈谈GMX中的组:1、温度耦合组对每个组内的原子，可以单独定...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
530
Ambertool和acpype安装和使用
AmberTools对于GROMACS用户来说，主要是使用其生成小分子的itp文件。这里为大家介绍一下AmberTool、acpype简单快速的安装方法和使用方法。不需...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1670
如何模拟有机分子晶体
对于有机分子晶体结构的模拟来说，生成其分子的itp结构需要一定的技巧。不然生成的分子itp原子顺序就和分子结构对不上。下面介绍最简单的方法...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
712
结合能计算工具使用方法
1.gmx_MMPBSA介绍2021年发展的gmx_MMPBSA工具令GROMACS用户可以直接利用免费的AmberTools的MMPBSA.py进行结合自由能计算。该程序支持高版本的...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1896
自由能形貌绘制
1.自由能形貌图(freeenergylandscape，FEL）自由能形貌图，就是用一张图来表示分子的构象自由能的变化。比如文献中常见的这类图：图上不同的能...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1101
Gromacs-2023的CPU+GPU版安装方法
2023年，Gromacs推出了2023版本，其相较于以前的版本有了较大的更新，以及修复了很多bug。主要亮点如下：1.全局通信频率不再依赖于nstlist,因...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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