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什么是相空间？
1.相空间（phasespace）相空间是以位置和动量（q,p）为坐标的一个二维空间，通常用符号表示。该位置和动量坐标等同于统计力学中常用的广义的(...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法简介
【引言】计算材料学：“定做”材料的高级理论阶段计算材料学（computationalmaterialsscience），是以物理、化学、材料等学科知识为基础，以大...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2286
对氨基酸进行突变的简单方法
在动力学模拟蛋白、多肽过程中，有时候需要模拟某个氨基酸位点突变的情况。下面简单的方法对氨基酸进行突变，即使用WHATIF服务器。此方法不用...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
649
生成DNA的pdb结构文件的方法
有时候知道DNA序列，但是无法获取其结构时候。可以使用下面方法简单的生成其螺旋结构的PDB文件。1、打开下面链接http://scfbio-iitd.res.in/s...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1007
什么是蛋白的Ramachandran图（拉氏图）
Ramachandranplot（拉氏图）是由G.N.Ramachandran等人[1]于1963年开发的，用来描述蛋白质结构中氨基酸残基二面角ψ和φ是否在合理区域的一种可...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1106
新课上线啦！
新课程上线啦！大家好，新课程上线啦，快来来看看吧~~GROMACS专题七：虚拟墙（基底）的实现GROMACS分析命令之盐桥的分析GROMACS专题七：虚拟墙...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1051
GROMACS如何处理二硫键
Groamcs中，在使用pdb2gmx命令生成生物体系的itp文件时，一定要注意检查目标体系中是否含有二硫键。如下图这个多肽中就含有二硫键，当有二硫键...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
850
Acpype安装
在使用AmberTools工具生成Gromacs的top文件时候，需要调用acpype转换。下面介绍其安装方法。1、下载acpype，在github上下载到本地，如下链接。...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1099
分子动力学模拟的时间尺度：从简单LJ势开始
（注：本文章来源于网络,如有侵权,请联系我们删除。）来源：模拟之家
刘十三613
分子动力学、GROMACS
947
二氧化硅-石墨烯-氧化石墨烯等周期性体系的构建方 法 上线！
GROMACS专题八：二氧化硅-石墨烯-氧化石墨烯等周期性体系的构建方法正式上线！对于周期性很强的一些有机分子、无机矿物等的模拟，其分子的itp...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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