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利用Pymol将周边图像虚化
FocalBlur是一个Pymol脚本可以创建非常cool的图像，将周边的的图像虚化，更加突出中心的object。虚化图片如下:使用方法：首先加载FocalBlur脚...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
164
如何计算蛋白长宽高
1、shell进行读取代码如下:#!/bin/sh#x轴grep^ATOM$1|awk‘{print$7}’|sort-n|sed-n‘1p;$p’#y轴grep^ATOM$1|awk‘{print$8}’|sort-n|sed-...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
504
重水（D2O）的ITP文件制作
1、查找文献，找到重水的LJ参数以及电荷参数。本案例参数来源这篇文献：J.Chem.Phys.114,8064(2001);https://doi.org/10.1063/1.1359183里面给...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
212
Gromacs如何计算应力
Juan的课题组在gromacs源代码基础上开发出了可以计算应力的一个版本。安装好之后，把已经跑完的轨迹按照其教学文档方法rerun一遍，就可以用来...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
186
GROMACS专题六 ！上线了!
由于许多初学者遇到的错误多是由于对ITP、TOP等文件不了解所致，所以本课程详细讲解了GROMACS模拟所需文件ITP、TOP的格式内容。学习之后，可对...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1122
关于范德华力的一些知识
范德华力的定义是十分模糊的，以至于不同领域给出的答案可能有很大出入，我们国内教材上所说的范德华力大致都是这么说的：“范德华力是一种分...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1725
什么是相空间？
1.相空间（phasespace）相空间是以位置和动量（q,p）为坐标的一个二维空间，通常用符号表示。该位置和动量坐标等同于统计力学中常用的广义的(...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1061
计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法简介
【引言】计算材料学：“定做”材料的高级理论阶段计算材料学（computationalmaterialsscience），是以物理、化学、材料等学科知识为基础，以大...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1916
对氨基酸进行突变的简单方法
在动力学模拟蛋白、多肽过程中，有时候需要模拟某个氨基酸位点突变的情况。下面简单的方法对氨基酸进行突变，即使用WHATIF服务器。此方法不用...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
277
生成DNA的pdb结构文件的方法
有时候知道DNA序列，但是无法获取其结构时候。可以使用下面方法简单的生成其螺旋结构的PDB文件。1、打开下面链接http://scfbio-iitd.res.in/s...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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