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GROMACS模拟基础上线啦！
GROMACS模拟基础之补全缺失氨基酸或原子本次课程全面深入的讲解了多种补全缺失氨基酸和缺失原子的方法。课程目录第一节：如何补全氨基酸缺失的...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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生成小分子力场TOP（ITP）文件(四)：生成charmm力场
Charmm力场介绍和安装Charmm力场由哈佛大学MartinKarplus教授（MartinKarplus教授2013年诺贝尔化学奖得主）所建立发展的。此力场可应用于研究...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1611
一种适用于无机体系、金属体系、界面的力场
目前，对于GROMACS能用的力场来说基本上都是属于有机体系。虽然也发展了一些无机金属等原子的参数，但是模拟效果往往不乐观。Heinz团队开发出...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2161
GROMACS：粗粒化力场建立和模拟上线！
粗粒化分子动力学(CoarseGrainedMolecularDynamics,CGMD)方法是近几年来发展起来的一种可以在介观尺度上描述分子体系演变过程的计算机模拟方法...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2593
利用Pymol将周边图像虚化
FocalBlur是一个Pymol脚本可以创建非常cool的图像，将周边的的图像虚化，更加突出中心的object。虚化图片如下:使用方法：首先加载FocalBlur脚...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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如何计算蛋白长宽高
1、shell进行读取代码如下:#!/bin/sh#x轴grep^ATOM$1|awk‘{print$7}’|sort-n|sed-n‘1p;$p’#y轴grep^ATOM$1|awk‘{print$8}’|sort-n|sed-...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
713
重水（D2O）的ITP文件制作
1、查找文献，找到重水的LJ参数以及电荷参数。本案例参数来源这篇文献：J.Chem.Phys.114,8064(2001);https://doi.org/10.1063/1.1359183里面给...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
412
Gromacs如何计算应力
Juan的课题组在gromacs源代码基础上开发出了可以计算应力的一个版本。安装好之后，把已经跑完的轨迹按照其教学文档方法rerun一遍，就可以用来...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
437
GROMACS专题六 ！上线了!
由于许多初学者遇到的错误多是由于对ITP、TOP等文件不了解所致，所以本课程详细讲解了GROMACS模拟所需文件ITP、TOP的格式内容。学习之后，可对...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1275
关于范德华力的一些知识
范德华力的定义是十分模糊的，以至于不同领域给出的答案可能有很大出入，我们国内教材上所说的范德华力大致都是这么说的：“范德华力是一种分...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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