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GROMACS分析命令（二）：do_dssp计算蛋白二级结构
GROMACS程序调用第三方软件DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好DSSP软件。安装DSSP完毕后(/home/user/sof...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
999
Gromacs联用GAFF力场处理水溶剂下小分子动力学
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同，AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场，如GAFF力场，简单而又有不错的精度，适合处理有机小分子；...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2595
Gromacs基于OPLS-AA力场的聚合物建模及模拟
本文内容包括：1.OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场；2.聚合物建模方法；3.Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法；4.聚合物PDB文件生成；...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1172
水结冰模拟及TIP4PICE水模型使用
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!本教程内容适用于Gromacs，包括：1.TIP4P/ICE水模型导入方法；2.冰水建模；转换TIP3P(SPC/E)...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1966
Gromacs结合自由能计算教程（一）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!分子模拟的一大用途就是对体系的平衡态进行模拟采样得到体系的某些热力学数据，其中的自由能...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1258
Gromacs结合自由能计算教程（二）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!如何计算自由能？续上回讲到的，上一章简要介绍了自由能计算的相关背景与炼金术热力学途径。...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1563
Gromacs结合自由能计算教程（三）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!一、准备拓扑文件对于一个有一定经验的分子模拟工作者而言，应该知道如何准备拓扑文件。如果...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1644
Gromacs结合自由能计算教程（四）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!本教程使用的分析脚本文献：JComputAidedMolDes(2015)29:397.https://doi.org/10.1007/s1082...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1688
Gromacs如何调用GPU加速计算
一、单节点使用多块GPU我拥有1个节点cn01，每个节点配有一块CPU（6核），两块GPU。启用1个mpi进程1个GPUmpirun-n1gmx_mpimdrun-ntomp6-gpi_id...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1197
ubuntu-win-双系统安装包及教程
对于GROMACS用户来说，linux系统是必备的。那么如何轻松又快速的安装linux系统呢，下面给大家总结了方法。为什么不推荐大家安装虚拟机来安装l...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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