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基于gromacs的副本交换动力学(REMD)
副本交换分子动力学(REMD)是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法，尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。它涉及在不同温度下模拟同一系统...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
8824
基于Gromacs进行膜蛋白体系的分子动力学模拟
随着近年来计算机算力的显著提升，计算机对于微观科学问题的解决发挥了非常重要的作用。目前理论、模拟和实验可谓解决科学问题的三辆并驾齐驱...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
10192
Gromacs分析处理-模拟前后蛋白结构差异对比图的制作
Step1：利用模拟得到的拓扑文件和估计文件，提取模拟前后的两帧结构1.gmxtrjconv-smd_test.tpr-fmd_test.xtc-ofirst.pdb-sep-b0-e0-pbcmol#提...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
7839
Gromacs通过伞状抽样的方法计算自由能
随着计算机技术的发展和计算能力的提升，以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目前的科学研究具有极大的促进作用。...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
7769
GROMACS模拟流程与力场构建
随着计算机技术的发展和计算能力的提升，以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目前的科学研究具有极大的促进作用。...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
7366
基于GROMACS的油水自发相分离分子动力学模拟
关键词：GROMACS；油水；相分离;分子动力学；packmol在化学、材料科学及生物医药等领域，油水相分离是一个重要的研究课题，广泛应用于石油开采...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
55
如何计算分子间的RDF，消除分子内峰
在使用GROMACS进行分子动力学模拟时，径向分布函数（RadialDistributionFunction,RDF）是一种非常有用的工具，用于研究系统中不同原子或分子之...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1555
如何产生各种冰晶结构
在前面的推文中，我们介绍了冰晶各种结构简介。这个推文里面我们重点介绍如何产生各种冰晶的结构文件。主要依托于Genice2程序。1、安装使用下...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1608
冰晶各种结构简介
一、冰晶形成原因冰晶（英语：icecrystal）是冰的宏观晶体形式。冰晶在光学及电学等物理性质方面有各向异性，并且具有较高的介电常数。冰晶常...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
3020
计算任意一点周围指定半径内的目标分子数密度分布
对于A、B两类分子来说，要统计A分子周围B分子的分布概率，可以计算RDF来表征，使用GROMACS的rdf命令工具即可计算。但是，如果想计算空间任意一...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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