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分子动力学
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力场简要概述
分子动力学模拟中使用的力场，包含两个重要的部分：1）模拟粒子之间相互作用的方程（即经典力学的相互作用力方程如库仑定律，范德华作用方程等...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
715
Gromacs联用GAFF力场处理水溶剂下小分子动力学
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同，AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场，如GAFF力场，简单而又有不错的精度，适合处理有机小分子；...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1895
Gromacs结合自由能计算教程（二）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!如何计算自由能？续上回讲到的，上一章简要介绍了自由能计算的相关背景与炼金术热力学途径。...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1237
GROMACS：粗粒化力场建立和模拟上线！
粗粒化分子动力学(CoarseGrainedMolecularDynamics,CGMD)方法是近几年来发展起来的一种可以在介观尺度上描述分子体系演变过程的计算机模拟方法...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2397
计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法简介
【引言】计算材料学：“定做”材料的高级理论阶段计算材料学（computationalmaterialsscience），是以物理、化学、材料等学科知识为基础，以大...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2009
生成DNA的pdb结构文件的方法
有时候知道DNA序列，但是无法获取其结构时候。可以使用下面方法简单的生成其螺旋结构的PDB文件。1、打开下面链接http://scfbio-iitd.res.in/s...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
730
分子动力学模拟的时间尺度：从简单LJ势开始
（注：本文章来源于网络,如有侵权,请联系我们删除。）来源：模拟之家
刘十三613
分子动力学、GROMACS
748
GROMACS里限制、冻结等参数的用法
在使用gromacs进行分子动力学模拟时候，我们常需要把某个原子、基团或者分子保持在固定位置，另一方面需要把分子中的某个键长、键角或者二面角...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1904
不同PH下蛋白和小分子的模拟
GROMACS专题十一：不同PH下蛋白和小分子的模拟GROMACS专题十一：不同PH下蛋白和小分子的模拟由于实际实验环境可能会涉及不同PH下的模拟，而目...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1251
自由能形貌绘制
1.自由能形貌图(freeenergylandscape，FEL）自由能形貌图，就是用一张图来表示分子的构象自由能的变化。比如文献中常见的这类图：图上不同的能...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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