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分子动力学
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GROMACS：粗粒化力场建立和模拟上线！
粗粒化分子动力学(CoarseGrainedMolecularDynamics,CGMD)方法是近几年来发展起来的一种可以在介观尺度上描述分子体系演变过程的计算机模拟方法...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2196
计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法简介
【引言】计算材料学：“定做”材料的高级理论阶段计算材料学（computationalmaterialsscience），是以物理、化学、材料等学科知识为基础，以大...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1832
生成DNA的pdb结构文件的方法
有时候知道DNA序列，但是无法获取其结构时候。可以使用下面方法简单的生成其螺旋结构的PDB文件。1、打开下面链接http://scfbio-iitd.res.in/s...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
584
分子动力学模拟的时间尺度：从简单LJ势开始
（注：本文章来源于网络,如有侵权,请联系我们删除。）来源：模拟之家
刘十三613
分子动力学、GROMACS
639
GROMACS里限制、冻结等参数的用法
在使用gromacs进行分子动力学模拟时候，我们常需要把某个原子、基团或者分子保持在固定位置，另一方面需要把分子中的某个键长、键角或者二面角...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1758
不同PH下蛋白和小分子的模拟
GROMACS专题十一：不同PH下蛋白和小分子的模拟GROMACS专题十一：不同PH下蛋白和小分子的模拟由于实际实验环境可能会涉及不同PH下的模拟，而目...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1142
自由能形貌绘制
1.自由能形貌图(freeenergylandscape，FEL）自由能形貌图，就是用一张图来表示分子的构象自由能的变化。比如文献中常见的这类图：图上不同的能...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
385
所有原子的LJ参数
在做分子动力学模拟的时候，对于元素周期表靠后的一些原子，GROMACS和大部分生成ITP文件的软件或方法均不能支持。需要用户手动去设置一些参数...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1018
格子玻尔兹曼方法LBM的前世今生与未来发展
在模拟复杂流体动力学现象的世界里，有一种方法以其独特而高效的魅力吸引了无数科研工作者的目光——它就是格子玻尔兹曼方法（LatticeBoltzma...
CFD饭圈
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油和水的混合，研究一下，也能发Science
这篇文章2024年4月12日巴黎文理研究大学JérômeBibette教授研究团队在《Science》杂志上发表的研究成果。他们探讨了在没有表面活性剂的情况下，...
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