第一节：处理金属离子的模拟参数，生成蛋白-金属离子的仿真盒子

第二节：金属离子和蛋白没有任何成键作用，不用考虑模拟过程离子是否偏离结合位点的模拟

第三节：金属离子和蛋白最近的氨基酸有键连关系的模拟

第四节：离子和蛋白没有任何成键作用，但是要使金属离子位点一直在结合位点的模拟

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讲师刘十三博士，具有十多年的物理、化学、生物等学科的计算机模拟经验。精通常见的分子动力学模拟软件：GROMACS, LAMMPS等，量子化学计算软件：Gaussian；熟练使用第一性原理模拟软件：VASP等，及其余常见软件：Material Studio，VMD等；熟悉Linux环境编程，熟练使用Python，Shell等编程语言；丰富的模拟知识授课经验；具备扎实的分子动力学等理论知识。具有几十次的分子动力学模拟模拟理论、专业技术讲授经验，已为全国相关领域的诸多研究生、老师授课，使其熟练掌握了分子模拟知识和技术。

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