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分子动力学
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CFD的未来发展
以下文章源自NAFEMS为庆祝CFD百年诞辰特刊《Benchmark》杂志上的一篇文章ChatGPT正在颠覆（编程）世界，而计算流体动力学（CFD）代码正以前所...
CFD之道
探讨CFD职场生活，闲谈CFD里外
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北大博士后GROMACS分子模拟典型问题答疑8月29日开启
导读：大家好，我是仿真秀专栏作者-刘十三613，具有十多年的物理、化学、生物等学科的计算机模拟经验。精通常见的分子动力学模拟软件：GROMAC...
仿真圈
技术圈粉 知识付费 学习强国
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Packmol的使用-构建分子动力学初始结构
以下文章来源于网络，若有侵权联系删除。Packmol简介Packmol是一个免费的、很有价值的构建分子动力学模拟初始结构的工具，非常流行。简单来说...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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GROMACS如何使用其他水模型
进行分子动力学模拟，水分子十分重要，除非选择使用连续介质模型（implictitwatermodel）。水分子模型较多，选择这些模型要结合使用的力场，并...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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力场简要概述
分子动力学模拟中使用的力场，包含两个重要的部分：1）模拟粒子之间相互作用的方程（即经典力学的相互作用力方程如库仑定律，范德华作用方程等...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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Gromacs联用GAFF力场处理水溶剂下小分子动力学
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同，AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场，如GAFF力场，简单而又有不错的精度，适合处理有机小分子；...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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Gromacs结合自由能计算教程（二）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!如何计算自由能？续上回讲到的，上一章简要介绍了自由能计算的相关背景与炼金术热力学途径。...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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GROMACS：粗粒化力场建立和模拟上线！
粗粒化分子动力学(CoarseGrainedMolecularDynamics,CGMD)方法是近几年来发展起来的一种可以在介观尺度上描述分子体系演变过程的计算机模拟方法...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法简介
【引言】计算材料学：“定做”材料的高级理论阶段计算材料学（computationalmaterialsscience），是以物理、化学、材料等学科知识为基础，以大...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1927
生成DNA的pdb结构文件的方法
有时候知道DNA序列，但是无法获取其结构时候。可以使用下面方法简单的生成其螺旋结构的PDB文件。1、打开下面链接http://scfbio-iitd.res.in/s...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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