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Gromacs结合自由能计算教程（三）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!一、准备拓扑文件对于一个有一定经验的分子模拟工作者而言，应该知道如何准备拓扑文件。如果...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
776
ubuntu-win-双系统安装包及教程
对于GROMACS用户来说，linux系统是必备的。那么如何轻松又快速的安装linux系统呢，下面给大家总结了方法。为什么不推荐大家安装虚拟机来安装l...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1808
linux版本vmd安装方法
做计算模拟，免不了要用到vmd这款非常强大的工具，为了避免在win和linux两个系统之间来回切换，可以直接安装linux版本的vmd，在命令窗口直接运...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2493
LigPlot显示对接后配体与受体相互作用的二维图
通过LigPlot软件制作蛋白质分子与配体分子相互作用图像，点击菜单栏“File-Open-PDBfile”打开PDB文件打开窗口。（获取LigPlot安装包和手册，...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
292
生成小分子力场TOP（ITP）文件(四)：生成charmm力场
Charmm力场介绍和安装Charmm力场由哈佛大学MartinKarplus教授（MartinKarplus教授2013年诺贝尔化学奖得主）所建立发展的。此力场可应用于研究...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1077
关于范德华力的一些知识
范德华力的定义是十分模糊的，以至于不同领域给出的答案可能有很大出入，我们国内教材上所说的范德华力大致都是这么说的：“范德华力是一种分...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1687
什么是相空间？
1.相空间（phasespace）相空间是以位置和动量（q,p）为坐标的一个二维空间，通常用符号表示。该位置和动量坐标等同于统计力学中常用的广义的(...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1050
对氨基酸进行突变的简单方法
在动力学模拟蛋白、多肽过程中，有时候需要模拟某个氨基酸位点突变的情况。下面简单的方法对氨基酸进行突变，即使用WHATIF服务器。此方法不用...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
255
什么是蛋白的Ramachandran图（拉氏图）
Ramachandranplot（拉氏图）是由G.N.Ramachandran等人[1]于1963年开发的，用来描述蛋白质结构中氨基酸残基二面角ψ和φ是否在合理区域的一种可...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
453
二级结构分析DSSP安装
GROMACS程序调用第三方软件DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好DSSP软件。不过目前DSSP网站有时候打不开，...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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