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PDB文件格式说明
以下文章来源于MolSimu，作者JerkwinPDB(ProteinDataBank)是一种标准文件格式,其中包含原子的坐标等信息,提交给ProteinDataBankattheResearch...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1988
GROMACS中添加CHARMM力场
CHARMM力场提供了很多生物分子的力场参数，如蛋白质、脂质、核酸等，Gromacs中自带了CHARMM27力场，当然也可在Gromacs官网上下载到已转换成Gr...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
883
Gromacs联用GAFF力场处理水溶剂下小分子动力学
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同，AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场，如GAFF力场，简单而又有不错的精度，适合处理有机小分子；...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1755
Gromacs结合自由能计算教程（四）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!本教程使用的分析脚本文献：JComputAidedMolDes(2015)29:397.https://doi.org/10.1007/s1082...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1415
Pymol2.3安装方法
pymol是一个很流行的三维蛋白结构显示工具。那么如何安装它的免费版本呢？下面为大家总结了教程。第一步：下载Anaconda新手建议选择Python3.6...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1381
linux版本vmd安装方法
做计算模拟，免不了要用到vmd这款非常强大的工具，为了避免在win和linux两个系统之间来回切换，可以直接安装linux版本的vmd，在命令窗口直接运...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2526
生成小分子力场TOP（ITP）文件(四)：生成charmm力场
Charmm力场介绍和安装Charmm力场由哈佛大学MartinKarplus教授（MartinKarplus教授2013年诺贝尔化学奖得主）所建立发展的。此力场可应用于研究...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1114
一种适用于无机体系、金属体系、界面的力场
目前，对于GROMACS能用的力场来说基本上都是属于有机体系。虽然也发展了一些无机金属等原子的参数，但是模拟效果往往不乐观。Heinz团队开发出...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1668
如何计算蛋白长宽高
1、shell进行读取代码如下:#!/bin/sh#x轴grep^ATOM$1|awk‘{print$7}’|sort-n|sed-n‘1p;$p’#y轴grep^ATOM$1|awk‘{print$8}’|sort-n|sed-...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
502
结合能计算工具使用方法
1.gmx_MMPBSA介绍2021年发展的gmx_MMPBSA工具令GROMACS用户可以直接利用免费的AmberTools的MMPBSA.py进行结合自由能计算。该程序支持高版本的...
刘十三613
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