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Gromacs结合自由能计算教程（四）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!本教程使用的分析脚本文献：JComputAidedMolDes(2015)29:397.https://doi.org/10.1007/s1082...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1440
Pymol2.3安装方法
pymol是一个很流行的三维蛋白结构显示工具。那么如何安装它的免费版本呢？下面为大家总结了教程。第一步：下载Anaconda新手建议选择Python3.6...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1408
linux版本vmd安装方法
做计算模拟，免不了要用到vmd这款非常强大的工具，为了避免在win和linux两个系统之间来回切换，可以直接安装linux版本的vmd，在命令窗口直接运...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2620
生成小分子力场TOP（ITP）文件(四)：生成charmm力场
Charmm力场介绍和安装Charmm力场由哈佛大学MartinKarplus教授（MartinKarplus教授2013年诺贝尔化学奖得主）所建立发展的。此力场可应用于研究...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1184
一种适用于无机体系、金属体系、界面的力场
目前，对于GROMACS能用的力场来说基本上都是属于有机体系。虽然也发展了一些无机金属等原子的参数，但是模拟效果往往不乐观。Heinz团队开发出...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1761
如何计算蛋白长宽高
1、shell进行读取代码如下:#!/bin/sh#x轴grep^ATOM$1|awk‘{print$7}’|sort-n|sed-n‘1p;$p’#y轴grep^ATOM$1|awk‘{print$8}’|sort-n|sed-...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
548
结合能计算工具使用方法
1.gmx_MMPBSA介绍2021年发展的gmx_MMPBSA工具令GROMACS用户可以直接利用免费的AmberTools的MMPBSA.py进行结合自由能计算。该程序支持高版本的...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1781
DeepChem教程-1.1：DeePChem介绍
深度生命科学的基本工具欢迎来到DeepChem的深度生命科学入门教程。本系列笔记本是一个循序渐进的指南，可帮助您了解为生命科学进行深度学习所...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1801
DeepChem教程-1.2：使用数据集
使用数据集数据是机器学习的核心。本教程介绍DeepChem用于存储和管理数据的“Dataset”类，它为处理大量数据提供了简单且功能强大的功能，它支...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1226
Matlab面向对象编程基础
最近正在逐步将之前的MFEA面向过程式编程风格改为面向对象式，便于以后的封装，或者转Python、C++这些热门语言。翻阅一些教材，学习了Matlab面...
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