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热分析丨热辐射(1)基尔霍夫定律
引言同事：发射率和吸收率是一回事吗？我：不是一回事。同事：那咋都说发射率等于吸收率呢？我：…反正就不是一回事...记住这个结论。其实是我...
Shmily89
签名征集中
2377
氢键的小秘密和GROMACS计算氢键的原理
1、当氢与F、O、N形成共价键时，键结电子被吸引偏向F、O、N原子而带部分负电荷，此时氢形成近似氢离子(H+)的状态，能吸引邻近电负性较大的F、...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2221
PDB文件格式说明
以下文章来源于MolSimu，作者JerkwinPDB(ProteinDataBank)是一种标准文件格式,其中包含原子的坐标等信息,提交给ProteinDataBankattheResearch...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2286
TOP文件解读
非键参数非键参数包括vanderWaals参数V(c6或σ,由组合规则决定)和W(c12或ϵ),它们列在ffnonbonded.itp文件中,其中的ptype是粒子类型[*type]指...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
871
GROMACS各种文件格式介绍
CPT文件：该文件为模拟断点文件（checkpoint，.cpt）。该文件为模拟过程固定时间间隔产生，保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1571
GROMACS如何使用其他水模型
进行分子动力学模拟，水分子十分重要，除非选择使用连续介质模型（implictitwatermodel）。水分子模型较多，选择这些模型要结合使用的力场，并...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2506
力场简要概述
分子动力学模拟中使用的力场，包含两个重要的部分：1）模拟粒子之间相互作用的方程（即经典力学的相互作用力方程如库仑定律，范德华作用方程等...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1100
Gromacs结合自由能计算教程（一）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!分子模拟的一大用途就是对体系的平衡态进行模拟采样得到体系的某些热力学数据，其中的自由能...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1251
生成小分子力场TOP（ITP）文件(四)：生成charmm力场
Charmm力场介绍和安装Charmm力场由哈佛大学MartinKarplus教授（MartinKarplus教授2013年诺贝尔化学奖得主）所建立发展的。此力场可应用于研究...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1986
一种适用于无机体系、金属体系、界面的力场
目前，对于GROMACS能用的力场来说基本上都是属于有机体系。虽然也发展了一些无机金属等原子的参数，但是模拟效果往往不乐观。Heinz团队开发出...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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