在 2024 年 8 月 25 日前报名缴费可享受 400 元早鸟优 惠价；

本次培训课程专为不同阶段的学习者设计，旨在帮助初学者快速掌握分子动力学模拟的基础知识，并为有经验的研究者提供更高层次的提升。课程内容全面而系统，不仅深入讲解了分子模拟技术及 GROMACS 软件的各个方面，还融入了丰富的实战经验和技巧。

课程

内容

第一天上午 GROMACS 基础

1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余

1.1 基本假设

1.2 主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法

1.3 积分步长的选取

1.4 温度和压力控制

1.5 周期性边界条件

1.6 分子动力学模拟流程

第一天下午

GROMACS 入门操

作

1 GROMACS 入门操作基础

1.1 Linux 命令入门基础——熟练掌握 GROMACS 所用的 Linux 命令

1.2 GROMACS 的 win 版 linux 版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件

1.3 GROMACS 涉及的各种输入输出文件参数介绍

1.4 GROMACS 力场介绍——深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备

OPLS 为例，力场的各种参数说明

实例操作：编译安装 GROMACS

2 GROMACS 建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础

2.1 Packmol，GaussView，VMD 等建模软件的使用

2.2 建立各种体系模型

混合模型、界面模型、球体模型等

2.3 小分子各种力场 TOP 文件的建立

itp, top 的构建以及参数说明

2.4 建立均相、多相体系

2.5 如何修改力场参数

实例操作：GROMACS 基本建模工具使用

第二天上午

GROMACS 建模计

算

1 GROMACS 计算实例——熟练掌握 GROMACS 计算一整套流 程

1.1 纯相、多相混合体系模拟计算

冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等乙醇等极性溶剂

石油化工领域等、聚合物分子等

1.2 界面模拟计算

气液界面、固液界面、油水界面

表面活性剂的界面模拟添加虚拟墙

1.3 物理场下的模拟计算

静电场、微波场、高斯脉冲场

1.4 石墨烯、纳米管、二氧化硅的建模模拟

掌握周期性体系建模方法

第二天下午

GROMACS 初级数

据分析

2 GROMACS 数据分析

2.1 GROMACS 初级分析工具运用

径向分布函数（RDF）离子配位数

扩散系数介电常数

2.2 各种能量性质计算

各个方向密度、压力、表面张力、势能

2.3 氢键相关性质计算

平均氢键个数

平均氢键寿命

氢键自相关函数

2.4 结构分布、四面体参数

2.5 计算键角和二面角的分布

用 make_ndx 建立索引

2.6 计算二维的平面或轴径向密度

2.7 空间分布函数的绘制

实例操作：构建各种力场参数、提取各种数据、分析

第三天上午高级力场建立

1 使用 AmberTools 建立分子 GAFF 力场

学会使用 ambertools 工具学会力场自定义构建方法

2 用量子化学方法拟合力场参数，构建属于自己体系的 力场

对二面角这种重要的参数进行拟合

3 粗粒化力场的建立，可使用更大体系模拟更长的时间 长度。

高分子粗粒化、蛋白膜粗粒化可使体系达到介观尺度

模拟时间达到微秒级

更准确预测蛋白、高分子等体系的性质

4 非标准残基力场构建

实际模拟中，遇到很多非标准残基氨基酸

学会此方法，可以轻松处理这些非标准残基力场

第三天下午高级建模分析

1 蛋白体系、生物大分子建模仿真

掌握生物大分子建模方法

2 蛋白配体复合物建模仿真

学会处理蛋白配体 itp 以及合并复合物

3 表面活性剂构建和模拟

学会构建界面体系

4 生物膜构建和模拟

学会构建膜蛋白、细胞膜吞噬纳米颗粒建模模拟

5 拉伸模拟（应力应变）

学会计算材料形变的相关性质

6 不同 PH 下蛋白建模模拟

学会特定 PH 下体系建模和模拟

7 高分子体系建模和模拟

能够构建线性聚合物、无规共聚物、交联聚合物的建模和模拟方法

实例操作：学习构建和模拟上述体系

第三天下午高级数据分析

1 GROMACS 高级分析工具运用

1.1 RMSD 分析

1.2 抽取性质数据

1.3 计算回转半径

1.4 计算平均结构

1.5 计算结合自由能

1.6 轨迹的处理: trajconv、g_traj (重点，为以后写代码分析提供支持)

1.7 VMD 使用：查看模拟轨迹, 结果分析，生成高质量发表的图片

2 分析轨迹代码编写

bash 脚本

python 脚本

热门搜索