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分子动力学原理与蛋白配体GROMACS建模仿真(1月10日)
导读:GROMACS是用于研究生物、化学、物理等学科中分子微观机理的分子动力学程序包。它可以用分子动...
仿真圈
技术圈粉 知识付费 学习强国
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通过使用Gromacs和MM-PBSA计算结合能
关键词:Gromacs、MM-PBSA、结合能、受体、配体当前,Gromacs已经被广泛应用在生物,...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
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Marvin Sketch注册及下载
【1】官网MarvinSketch是ChemAxon的产品。此处给出MarvinSketch的官网下...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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基于Gromacs的蜘蛛毒素肽显性溶剂动力学分析
本文摘要(由AI生成):本文介绍了在分子动力学模拟中,添加氯离子后需要重新运行grompp命令的步骤...
320科技工作室
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GROMACS模拟流程与力场构建
随着计算机技术的发展和计算能力的提升,以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目...
320科技工作室
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Gromacs通过伞状抽样的方法计算自由能
随着计算机技术的发展和计算能力的提升,以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目...
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Gromacs分析处理-模拟前后蛋白结构差异对比图的制作
Step1:利用模拟得到的拓扑文件和估计文件,提取模拟前后的两帧结构1.gmxtrjconv-smd...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
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基于Gromacs进行膜蛋白体系的分子动力学模拟
随着近年来计算机算力的显著提升,计算机对于微观科学问题的解决发挥了非常重要的作用。目前理论、模拟和实...
320科技工作室
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基于gromacs的副本交换动力学(REMD)
副本交换分子动力学(REMD)是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法,尤其是在构象被相对高能垒分隔的...
320科技工作室
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GROMACS模拟分析-自由能形貌图的绘制
自由能形貌(freeenergylandscape,FEL)表征了模拟过程中蛋白质的自由能变化。自由...
320科技工作室
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GROMACS计算蛋白-配体相互作用以及力场构建
小分子配体可以广泛应用在生物领域例如药物设计等,其中在生物应用领域,蛋白质是最为广泛的药物靶点。本文...
320科技工作室
lammps/ms/vasp/
免费
GROMACS复杂体系构建之利用CHARMM-GUI工具
之前介绍过GROMACS中膜蛋白体系的构建。按照官方的介绍,通过将磷脂构象盒力场准备好,然后在模拟盒...
320科技工作室
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Gromacs模拟体系构建----进阶版
Gromacs是目前广泛使用的分子模拟软件,其在生物、材料等领域的模拟表现出较为突出的优势。之前,本...
320科技工作室
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