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新增高效训练NEP模型,开源的机器学习力场PWMLFF 2024.5版本上线

4月前浏览4337



近几年来,一种结合了物理学、高性能并行计算和机器学习算法的新的科研范式——AI for science迅速崛起,并为解决精度与尺度无法并存的问题带来了曙光。基于机器学习力场(machine learning force field, MLFF)的分子动力学,可以在保持第一性原理计算精度的同时,极大地扩展模拟的空间和时间尺度。

PWMLFF是一款由龙讯旷腾团队开发的开源软件包,采用GNU许可协议,旨在快速生成与从头算分子动力学精度相媲美的机器学习力场。我们最新推出PWMLFF 2024.5版本相比于PWMLFF 2024.3版本(,新版本增加了神经演化势(Neuro evolution potential,NEP)模型,包括基于梯度的分层卡尔曼滤波( Recurrent layer extended kalman filter,LKF)和自适应矩估计(Adaptive moment estimation,ADAM)优化器训练、lammps分子动力学接口(GPU、CPU版本)。

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为什么引入NEP模型

NEP模型是GPUMD软件包中的一种机器学习势函数(2022b NEP3 GPUMD )[1],其描述符借用了集团展开的思想,最高支持展开到5体相互作用,具有非常高的精度;而且开发团队通过多项式展开把多体相互作用显示表达出来,极大提高了计算效率。GPUMD中训练NEP采用了可分离自然演化策略(separable natural evolution strategy,SNES)[2],由于不依赖梯度信息,实现简单。但是对于标准的监督学习任务,特别是深度学习,更适合采用基于梯度的优化算法。我们在PWMLFF 2024.5版本实现了NEP模型(NEP4,网络结构如图1所示),能够使用PWMLFF中基于梯度的LKF或ADAM优化器做模型训练。我们在多种体系中比较了LKF和SNES两种优化方法的训练效率,测试结果表明,LKF优化器在对NEP模型的训练中展现了优越的训练精度和收敛速度。NEP模型的网络结构只有一个单隐藏层,具有非常快的推理速度,而引入LKF优化器则大幅提高了训练效率。用户可以在PWMLFF中以较低的训练代价获得优质的NEP并使用它进行高效的机器学习分子动力学模拟,这对于资源/预算有限的用户非常友好。


   

图 1. NEP网络结构,不同类型的元素具有独立但结构相同的子神经网络。此外,与文献中NEP4网络结构不同的是,对于每层的bias,所有的子网络不共享最后一层bias。此外,我们对于多体描述符采用了与两体描述符相同的截断半径。

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测试1-优化器对比

我们对多种体系进行了测试,所有测试中将数据集的80%作为训练集,20%作为验证集。我们在公开的HfO2训练集(包含包含𝑃21/c、𝑃bca、𝑃ca21和𝑃42/nmc相的2200个结构)上对NEP模型分别在LKF和演化算法(SNES, GPUMD)训练,它们在验证集上的误差下降如下图2中所示。随着训练epoch增加,基于LKF的NEP模型相比于SNES,可以更快收敛到更低误差(误差越低精度越高)。在铝的体系下(包括3984个结构)也有相似结果(图3)。此外,我们在LiGePS体系以及五元合金体系中也有类似结果,更详细数据可点击文末的训练和测试数据链接查看。


   

图 2. HfO2体系(2200个结构)下,NEP模型在LKF和SNES优化器下的能量(左图)和力(右图)收敛情况。图中虚线为SNES算法训练能够达到的最低loss水平。


   

图 3. Al体系(3984个结构)下,NEP模型在LKF和SNES优化器下的能量(左图)和力(右图)收敛情况。图中虚线为SNES算法训练能够达到的最低loss水平。

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测试2-模型精度对比


深度势能(deep potential, DP)模型是目前广泛使用的一种神经网络模型,PWMLFF中实现了Pytorch版本的DP模型,该DP模型也可以使用LKF优化器。我们在多个体系下,使用LKF优化器对NEP模型和DP(PWMLFF)模型训练做了对比,结果如下图4中所示。在Al、HfO2、LiGePS(包含1万个结构)、[Ru、Rh、Ir、Pd、Ni]五元合金体系(包含9486个结构)下,PWMLFF中的NEP模型比DP模型收敛都更快,精度也更高。特别的,对于五元合金,我们采用type embedding DP以减少元素种类对训练速度的影响(在之前的测试中,我们发现,对五种以上的元素的情况,在PWMLFF的DP训练中引入type embedding可以获得比普通DP更高的精度)。


   

图 4. NEP和DP模型在LKF优化器下训练误差收敛情况。


实验训练数据、测试数据及模型链接

开源仓库:

https://github.com/LonxunQuantum/PWMLFF_library/tree/main/NEP_test

百度云网盘:

https://pan.baidu.com/s/1beFMBU1IehmNEpIQ9B8ybg?pwd=pwmt

参考文献链接

[1] DOI:10.1063/5.0106617

[2] DOI:10.1145/2001576.2001692

来源:龙讯旷腾
半导体电子UM材料分子动力学LAMMPS
著作权归作者所有,欢迎分享,未经许可,不得转载
首次发布时间:2024-06-16
最近编辑:4月前
龙讯旷腾
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