基于MS的水分子径向分布函数(RDF)计算
1 构建水分子结构
新建一个3D Atomistic.xsd文件，命名为H2O，点击
新建水分子结构。
图1 水分子构建
2 构建AC模型
步骤如下图所示，单击选择Modules中的Amorphous Call，Calculation；计算精度Quality选择 Ultra-fine ；填写密度；选择水分子，分子数为1000（注意：模型的长宽高要大于25Å），运行Run，如下图所示，显示正在运行，运行完成，构建成功。
图2 AC盒子的构建步骤
3. 选择运行模块Forcitefield
新建立一个3D Atomistic.xsd，复 制一个H2O模型，将新建立的模型改名为H2O.xsd文件，粘贴复 制的H2O模型。点击选择Forcite，Calculation，弹出Forcite Calculation ，选择Energy 中Forcitefield中的COMPASSII，点击旁边的More，取消默认的两个勾选，单击面板中的两个Calculate，确保模型中所有的原子具有正确的力场，可以点击一个原子，在信息栏里查看力场是否正确建立。如H的力场是h1o，然后将Charges 改为Use current，运算精度可以为Ultra-fine（根据自己电脑配置和需要选择）。然后进行结构优化，点击Setup，选择Geometry Optimization，接着点击Job Control，选择运行的核心数。最后运行，运行结束进行下一步。
图3 Forcite 力场构建及结构优化的步骤
4. 动力学计算
选择生成的H2O.xsd文件，进行动力学计算。点击More，选择Ensemble中NPT，Pressure改为0.0001，Time step为1；Total simulation time 为500；关闭Forcite Dynamics，点击运行。运行完成，再次选择More，选择Ensemble中NVT，Pressure改为0.0001，Time step为1；Total simulation time 为1000；点击运行。运行完成。
图4 动力学步骤
5. RDF计算
单机鼠标右键，选择Display Style，选择Lattice中Style 中In-Cell，将所有的原子放在一个盒子里。Alt+单击H原子，点击Edit 中的 Edit Sets，New，记为H，同样的方式 编辑得到O。选择xtd轨迹文件，点击Modules，Forcite，Analysis，选择Radial distribution function，Sets中分别选择O和H，计算O和H之间的RDF。其中 Cutoff小于盒子最小边长的1/2。
总结: 首先建立分子的模型，其次构建AC盒子，重点需要设置好分子的计算模块，选择合适的力场模型。然后分别进行结构优化，动力学分析。最后选定模块中分析中的RDF功能，计算可得到RDF计算结果就是分子间H-H、H-O、O-O的径向分布函数。O-O 径向分布函数在0. 275 nm处出现最高峰值,表示由于氢键相互作用下中心水分子与最近邻水分子间氧氧距离；O-H 径向分布函数在0. 175 nm 和0. 325 nm 处均出现峰值,这分别是有氢键作用和无氢键作用的O-H 距离；H-H 径向分布函数在0. 245 nm处出现峰值。
