如何使用在线Alphafold进行蛋白质折叠与对接
蛋白质作为生命体活动的重要承担者，长久以来因为其极其复杂的立体结构，受到科学家的广泛关注，蛋白质具有四级结构，其中的一级结构为氨基酸的排列顺序，理论上来讲，只要确认了氨基酸的排列顺序，蛋白质的结构就是唯一且已知的。二级结构由氨基酸肽链的螺旋，转角等组成，三级结构主要由蛋白质肽链之间的疏水作用，二硫键等等组成，通过多个二级结构的组成，在三维空间排列形成了一个蛋白质的分子结构，四级结构则是亚基和亚基之间的相互作用，三级结构形成亚基后，亚基间的空间排列方式决定了四级结构。
蛋白质一级，二级，三级，四级结构图
在蛋白质分子结构发现中，结构生物学在21世纪初扮演了至关重要的角色，使用X射线，冷冻电镜等手段，结构生物学解决了很多膜蛋白，通道蛋白等非常复杂的结构，但是这种卓有成效的手段往往限制于时间较长的掣肘，所以在2022年，谷歌公司开发了Alphafold计算模拟蛋白质折叠平台，能够以99%的精确度预测人类蛋白质组的蛋白
Alphafold的本地版所需要的算力较大，往往适合超级计算机，为此，研发人员开发了适合精度不高的在线alphafold预测工具colabFold，网址：
https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb#scrollTo=KK7X9T44pWb7下面是网站的截图
网站制作非常简约，并且同时适合单一蛋白的折叠，以及蛋白质复合物的对接，如果折叠单一复合物，只需要将蛋白质的一级氨基酸序列输入query sequence一栏中，并且更改job name为所需名字，如果要预测蛋白质复合物，只需要在两个蛋白质复合物之间输入”:” ，软件会自动识别序列为前后两个蛋白并进行分子对接。
一般保持advanced settings不变，循环数设置为3
运行结束后，会在display 3D structure中显示运行后的蛋白质结构，可以使用不同的着色方式进行着色。
下面可以按照要求对自己的结果进行下载和打包。
需要注意的是，在线版对接软件可以很方便的预测，但是colab不能提供完整的alphafold功能，如果硬件条件允许，可以下载本地版进行更加精准的预测
Tips；需要注册谷歌账号
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