Module功能大全之物质结构

该模块是PWmat和CALYPSO之间的接口，CALYPSO是一种高效的结构预测软件。该方法只需要给定化合物的化学成分就可以预测给定外部条件下的稳定或亚稳态结构，因此CALYPSO软件包可以用于预测晶体结构和设计多功能材料。

该模块是PWmat和USPEX之间的接口。USPEX是Oganov实验室2004年开发的一种软件，它可以通过只知道材料的化学成分来预测任意P-T条件下的晶体结构。除了晶体结构预测外，USPEX还可以在其他维度上工作，并预测纳米颗粒、聚合物、表面、界面和2D晶体的结构。

该模块用于介绍如何使用遗传算法搜索被吸附分子/团簇的新结构，本例中衬底的结构固定不变。例如，它可以用于搜索：–CO周围的水分子吸附在Cu（111）表面、具有给定原子数的金属簇、两种材料界面区的原子结构、平坦金属表面上的水图案、球形金属纳米团簇上的水图案。

该模块用于介绍如何使用开源软件Disorder生成PWmat支持的结构文件。Disorder是一款开源软件，它可以根据对称性生成不等价的无序晶体结构，应用场景主要有无序的取代掺杂或产生无序的空位。Disorder的运行时间和不可约对称结构的数目的变化呈线性标度，效率很高。

该模块是PWmat和合金理论自动化工具包（ATAT）之间的接口。ATAT是一个通用名称，指的是合金理论工具的集 合，可用于生成特殊的Quasirandom结构（SQS），对无序固溶体进行建模，从第一原理构造团簇展开，对晶格模型进行蒙特卡罗模拟，从团簇展开开始，以计算合金的热力学性质。

该模块用于研究具有近似无序处理的无序合金和固溶体的电子能带结构。与超胞近似相比，该模块提供了一种更简单、计算成本更低的方法。利用这种虚拟晶体近似（VCA）方法，可以很容易地计算无序合金和固溶体的晶格常数和电子结构。

该模块是PWmat和R.I.N.G.S之间的接口。R.I.N.G.S是Fortran90/MPI中开发的一个科学代码，用于分析分子动力学模拟的结果。使用此代码，您可以计算：径向分布函数、模拟中子、X射线结构因子、均方位移、键角和二面角分布、成键性质、结构环境分布、孔隙分布、非常详细的环统计分析等，使用OpenDX进行三维可视化的各种输入文件。

PLUMED是一款功能强大的软件，包括：增强的采样算法、自由能方法，是分析分子动力学模拟产生的大量数据的工具。

该模块是PWmat和CIF2CELL之间的接口。CIF2CELL是一种从CIF（晶体学信息框架）文件生成多种结构文件的工具。该程序目前支持许多流行的电子结构程序的输出，包括PWmat、ABINIT、ASE、CASTEP、CP2K、CPMD、CRYSTAL09、Elk、EMTO、Exciting、Fleur、FHI aims、Hutsepot、MOPAC、Quantum Espresso、RSPt、Siesta、SPR-KR、VASP。还导出一些相关格式，如.coo、.cfg和.xyz文件。