Adsorption Locator是一款采用蒙特卡罗模拟退火方法搜索吸附质在基底材料.上的最低能量吸附构象的程序,它可以给出吸附质的稳定吸附位点、混合吸附质的优先吸附成分、纳米级催化剂的活性位、原子层沉积过程的最稳定位置,帮助研究人员从原子水平上了解吸附过程(结构影响、添加剂作用)。在涂料开发、表面腐蚀研究、催化剂设计以及晶体结晶形貌等领域具有理论指导意义。其中,吸附质通常为气体分子或液体,基底可以是多孔晶体、无定形材料或表面结构材料。
Adsorption Locator的主要特性
●周 期性或者非周期性基底材料
●正则系综(NVT)模拟
●可指定吸附区域
●支持Universal、COMPASS、Dreiding、peff、evff力场,支持自定义力场
●支持perl脚本编程处理
氧化镁与二氧化硫建模优化过程
首先在晶体库中导入MgO模型,利用Build Surface 功能切割出MgO的1 0 0晶面
扩建超胞后得到如下构型
建立15 Ǻ的真空度,以避免周期性对结构的影响。
Adsportion Location设置参数如下
确定selected target atoms 后设定的maximum distance所定义的区域将会使吸附质分子被引入的区域。5.0的距离允许体系确定不同构型的SO2吸附质在MgO表面的吸附。如果maximum adsorption distance 太小,某些SO2构型将得不到,如果太大构型数目将会增加。
结果分析:
产生了3种最可能的吸附构型,打开MgO(1 0 0)Fields.xsd。
这个文件显示了吸附位的区域,更高的密度点表明了更可能的吸附位。
右击此文件选择Display Style 按钮,打开Display Style对话框。在Field栏中点击Color by field values,选择Volume display style,关闭对话框。
现在最可能的吸附范围以绿色显示,最不可能的吸附位以红色显示。
最后,如果有分子动力学模拟相关需求,欢迎通过微信公众号联系我们。
微信公众号:320科技工作室。