Lammps模拟Reax.ff下有机物的高温裂解-以葡萄糖分子为例
本文摘要（由AI生成）：
本文介绍了通过模拟软件构建并模拟葡萄糖分子在高温下裂解的过程。首先，通过输入葡萄糖分子并进行结构优化，然后编写in文件以设定反应条件，包括温度、迭代次数等。随后，使用LAMMPS软件运行模拟，生成包含裂解过程的dump文件。最后，利用OVito软件对结果进行可视化处理，展示裂解过程及产物。此研究为理解有机物高温裂解机制提供了有价值的模拟方法。
本文介绍如何从构建模型到模拟有机物（以葡萄糖分子为例）在高温下裂解过程和最终产物。
有如下步骤：
初始化结构;
1.1 建模
input一个葡萄糖分子（图1），然后module AC caculation，我这里写500个分子（如图2），run之后得到图3.
（备注： energy 是选择力场，后期用反应力场，这里现在通用力场就可以，如图4）；
2.2结构优化
选择modules-Forcite，设置迭代次数，优化如图5。（备注：建议这里迭代次数写多点，不然后面做计算有可能原子丢失）
做完结构优化后，得到.Car和.mdf格式文件，转成.data文件。
写in文件（当然，提前要准备写好力场文件）
部分in文件如下（我是用notepad 编写的）
############################################
#REAX potential for tyre pyrolysis g2#
############################################
#Initialization
units real
dimension 3
boundary p p p
atom_style charge
read_data g2.data
###############################################################################
# Equilibration Stage
timestep 0.1
dump 1 all custom 1000 dump-eq.dsw id type q x y z
dump_modify 1 sort id
dump 2 all xyz 1000 dump-eq.xyz
dump_modify 2 sort id
fix 2 all nvt temp 300 300 10.0
fix 3 all reax/c/bonds 1000 Tire-eq.bonds.connect
fix 4 all reax/c/species 1 1 1000 species-eq.txt element O C H
run 6000
undump 1
undump 2
unfix 2
unfix 3
unfix 4
###############################################################################
# Pyrolysis Stage
reset_timestep 0
timestep 0.25
dump 1 all custom 4000 dump.dsw id type q x y z #轨迹文件放进ovito
dump_modify 1 sort id
dump 2 all xyz 4000 dump.xyz
dump_modify 2 sort id
fix 2 all nvt temp 2000 2000 100.0 #2000K温度下裂解
fix 3 all reax/c/bonds 4000 Tire.bonds.connect
fix 4 all reax/c/species 1 1 4000 species.txt element O C H run 100000
运行（建议装lammps后， 安装一下Git软件，在Git bush here很好用哦）
直接输入这行in文件命令“ lmp -in in.xx.lmp” 回车,得到如下图6：
数据输出
运行完成后，会生成dump.xx文件，用OVito可以做动画图（截图如下），也会得到裂解产物。
以上，就是我今天分享。
