基于GROMACS的油水自发相分离分子动力学模拟
关键词：GROMACS；油水；相分离; 分子动力学；packmol
在化学、材料科学及生物医药等领域，油水相分离是一个重要的研究课题，广泛应用于石油开采、环境污染治理、化妆品配方优化及生物膜研究等方向。由于油水界面的分子相互作用复杂，采用分子动力学（Molecular Dynamics, MD） 方法进行模拟研究成为一种高效且精确的手段。而GROMACS作为高性能的开源MD模拟软件，为研究油水界面张力、乳化剂作用、纳米颗粒辅助分离等提供了强大的技术支持。
本案例基于GROMACS，建立油水混合体系的分子动力学模型，模拟其在常温下的自发相分离过程，并考察油分子的溶剂可及表面积的变化。
初始模型的构建
在本案例中，我们采用烷烃（正十六烷） 作为油相，构建一个油水混合初始体系。正十六烷采用GAFF力场，水分子采用OPC3 水模型。整个体系的初始状态采用随机分布的方式，以保证后续的模拟符合真实物理过程。正十六烷的结构可以用Gview或者Materials studio进行构建，如图1所示：
图1 正十六烷的分子结构
用Packmol软件构建800个水分子和50个正十六烷分子在5.0*5.0*5.0nm盒子中的均匀混合体系，Packmol输入文件如图2所示：
图2 Packmol 输入文件
建好的初始模型如图3所示：
图3 初始油水混合体系结构
模拟结果分析
经过能量最小化和2ns的平衡模拟后，我们可以观察到，在无外界干预的条件下（常温常压），油水分子的相互作用（疏水作用）驱动体系自发发生相分离，逐渐形成油滴与水相的分层结构。如图4所示：
图4油水混合体系相分离过程
我们进一步统计正十六烷的溶剂可及表面积（SASA）的变化（图5），发现正十六烷从一开始的混乱无序分布自发组装成膜，SASA逐渐减小，到2ns时油分子膜已趋于平衡，说明该体系已自发完成了油水相分离过程。
图5 正十六烷的溶剂可及表面积变化
工业与科研应用
本案例通过分子动力学模拟，实现了油水体系自发相分离过程，该研究在多个领域具有广泛的应用价值：
石油工业
：研究油水乳化、分离优化，提高采油效率 环境科学
：优化油污水处理方法，减少污染 化妆品与食品科学
：开发稳定的乳液、乳化剂配方 生物医学
：探索生物膜与油水界面的相互作用
