在做某些数据计算时候，可能会用到某个基团的质心位置随时间变化情况，如膜上面的小分子相对于模拟盒子的运动情况，是否穿过了膜。除了可以计算小分子和膜的距离之外，我们这时候就可以计算小分子的质心坐标随时间变化情况，以及计算膜质心随时间变化情况，这可以以模拟盒子z=0的位置作为参考，计算一些性质。
1、 使用make_ndx建立所需基团的index文件
2、 使用下面命令计算
gmx traj -s md.tpr -f md.xtc -com -n index.ndx -ox com.xvg
-com选项可以输出给定残基的质心坐标，坐标输出到com.xvg文件
3、输出的坐标有x、y、z三列，如下图所示。一般只采用z列，来分析以模拟盒子z=0的位置作为参考，基团的相对变化运动情况。
