Gaussian16的安装与使用
在化学和分子模拟的世界里Gaussian16是一款广泛使用的量子化学软件，它为研究人员提供了强大的工具来进行分子结构优化和其他复杂计算。无论您是研究新分子的性质，还是优化现有分子的结构，Gaussian16都能够为您的工作提供精确的计算结果和深刻的洞见。
本教程将引导您完成Gaussian16的安装过程，并介绍如何使用该软件优化分子结构。首先，我们将详细说明如何在您的计算机上安装Gaussian16，包括所需的系统配置和安装步骤。接着，我们将展示如何使用Gaussian16进行分子结构优化，通过调整分子的几何构型以找到其能量最低的稳定状态。
Gaussian16以其高效的算法和精确的计算能力，帮助您在分子模拟和理论化学研究中取得突破。跟随我们的教程，您将能够顺利安装Gaussian16，并熟练掌握其结构优化功能，为您的科研工作奠定坚实的基础。
Gaussian16的安装
先检查shell的版本：
echo $SHELL
如果显示：
/bin/bash
则说明使用的是bash。下载对应版本的Gaussian压缩包。
使用tar -jxvf G16-A03-AVX2.tbz命令解压Gaussian16的压缩包，在本教程中解压路径为/root/autodl-tmp/student1，涉及路径的命令请根据实际情况修改。
在解压出的g16文件夹中新建一个tmp文件夹用于存放临时缓存，使用vim ~/.bashrc命令修改环境变量，加入以下语句后保存：
export g16root=/root/autodl-tmp/student1
export GAUSS_SCRDIR=/root/autodl-tmp/student1/g16/tmp
source /root/autodl-tmp/student1/g16/bsd/g16.profile
使用命令source ~/.bashrc重新进入终端后即可使用Gaussian16.
使用g16<xxx.gjf>xxx.out命令调用Gaussian16
使用Gaussian16优化结构并计算esp电荷
分子结构获取
本教程以JZ4为例，从Pubchem上获取JZ4的3D结构SDF文件。
文件处理
对SDF文件进行处理以获得 Gaussian 可识别的文件格式JZ4.com，可使用软件Avogadro生成，
得到JZ4.com后修改文件后缀名为JZ4.gjf，获得Gaussian的输入文件，修改gjf文件选择并补充合适的核数、检查点文件、泛函和基组等关键词在gjf文件的开头，以及在坐标后面输入两个文件名JZ4_ini.gesp和JZ4.gesp，（前者为初始结构的RESP电荷，后者为优化后的RESP电荷），修改后文件内容如下：
使用Gaussian16优化结构
使用Gaussian16对结构进行优化并获得esp电荷：
g16<JZ4.gjf>JZ4.out
后续可选择out文件用AmberTools或者chk文件用Multiwfn计算获得RESP电荷和Amber立场参数文件。
