首页/文章/ 详情

基于Gaussian计算分子的比旋光度

9天前浏览57

计算比旋光度的基本流程:

  1. 首先优化分子结构

  2. 使用优化好的分子作为初始结构,用更大的基组进行比旋光度计算

  3. 计算结果分析

计算比旋光度的基本操作:

以甲基环氧乙烷作为例子,通过计算两种手性分子构型的比旋光度,并与实验值对比,以确定分子的绝对构型。实验数据我们选用气相条件下,在355nm和633nm下测得的比旋光度。

1、对映体的结构优化:

S构型甲基环氧乙烷结构优化的输入文件如下


R构型甲基环氧乙烷结构优化的输入文件:


2、对映体的比旋光度计算:

使用第一步优化得到的结构作为初始结构,计算S和R型甲基环氧乙烷的比旋光度。计算S和R型甲基环氧乙烷在气相条件下,355nm和633nm入射光下比旋光度的输入文件分别如下。

S构型甲基环氧乙烷比旋光度计算的输入文件:


R构型甲基环氧乙烷比旋光度计算的输入文件:


如果上一步优化步骤已经保存了check文件,比如opt.chk,则可以简化为下面的输入文件:


3、Gaussview查看结果:

利用GaussView查看分子的比旋光度,我们以S构型甲基环氧乙烷比旋光度计算结果为例,步骤如下:

1、GaussView 6 | File | Open

打开文件:S-enantiomer-OR.log

2、GaussView 6 | Results | ORD

在Results下拉菜单中点击ORD选项,将显示不同入射波长下的比旋光度。用鼠标点击图中的点,在下方将显示指定波长下比旋光度。



4. 从Gaussian输出文件查看

除了用GaussView查看外,还可以直接从输出文件里查看,找[Alpha]行就可以,比如下面这个样子:


其中,[Alpha] ( 5893.0 A) = -366.99 deg就是[α]589.30=-366.99°的意思。

5、结果分析:

利用同样的方法我们可以查看每个构型在不同入射频率下的的比旋光度,下表列出了所有计算和实验得到的比旋光度,可以看出在这个例子中,S构型计算得到的比旋光度与实验测得的更为接近,因此我们认为实验测量的分子为S构型,这也与事实一致。


最后,有相关需求,欢迎联系我们




来源:320科技工作室
通用
著作权归作者所有,欢迎分享,未经许可,不得转载
首次发布时间:2024-10-26
最近编辑:9天前
320科技工作室
硕士 | 结构工程师 lammps/ms/vasp/
获赞 221粉丝 338文章 300课程 0
点赞
收藏
作者推荐

Lumerical fdtd和charge联合仿真电学可调谐的MOS结构吸收器

关键词:FDTD;Charge;可调谐;MOS结构;载流子浓度电光开关的等离子体吸收体的电可调谐性是高度可调的。通过施加偏置电压,在氧化物层中产生较大的场强,同时载流子在氧化物-半导体界面处形成累积层或耗尽层(金属的载流子浓度较大,耗尽层相比于半导体来说可以忽略不计)。载流子浓度的变化引起折射率的改变,导致光谱特性也发生变化,利用这一点,我们可以制作电偏置的开关。如题1所示,我们的设计采用金属-氧化物-半导体电容器配置(MOS),包括金属Au镜面,氧化钛间隔层和半导体氧化铟锡(ITO)材料。铝在红外具有高反射率,因此是一种合适的结构材料。作为活性层的 ITO 薄膜被 插入元表面和间隔物之间。Au层和ITO层作为电极材料,当在 ITO 和底部 Au 之间施加电压时,ITO 层中的自由电子会在 ITO 和氧化钛的界面附近聚集。氧化钛具有很高的相对介电常数(κ =81),因此内部可以产生很强的电场,载流子也因此可以大量聚集。因此,通过外加电场效应载流子的积累,可以实现ITO折射率的显著电压可调变化,从而对入射的偏振光实现光学性能的调谐,即电光开关。图1 MOS结构及加电偏置示意图透明导电氧化物(TCO)中的ITO作为一种有前途的等离子体材料被广泛研究,具有低损耗和制造兼容性,ITO的光学介电常数可以用Drude模型近似:其中,ε∞是高频介电常数,ω是光波的角频率,γ是与自由载流子阻尼系数,wp是等离子屏率。其中等离子体频率定义如下:等离子体频率由载流子浓度和有效质量m*有关。根据上述公式,光学材料的介电常数随载流子浓度的变化而变化。其中MOS型结构中加电压前后载流子浓度变化引起的折射率变化如下公式:在本文的例子中,我们先通过Lumerical Charge软件仿真结构的电学特性,外加电压为正负5V,仿真ITO薄膜的载流子浓度随外加电压0V、5V、-5V载流子浓度的变化,由于载流子浓度的变化会导致薄膜等离子频率的变化,因此会导致光谱的变化,所以把电学数据通过Lumerical FDTD软件求解器件的光学性质变化,证明电光开关的可行性。通过在ITO薄膜上加载流子浓度的监视器,可以得到ITO薄膜中的载流子浓度随偏置电压的变化,外加-5V电压时,左侧(ITO和TiO2交界处)形成载流子耗尽层,外加5V电压时,形成载流子累积层。图2 ITO薄膜在外加电压下的载流子浓度分布对具有不同载流子浓度分布ITO薄膜的器件进行反射率光谱仿真,外加偏振光斜入射,得到如图3所示的光谱,可以证明MOS结构可以实现电偏置的吸收调谐器。图3 MOS结构在外加电压下的光谱分布为了更好地理解MOS器件吸收的性质,我们模拟了TiO2和ITO薄膜的电场分布,如图4所示,电场大部分局域在ITO和TiO2界面并且靠近ITO薄膜,说明ITO薄膜吸收了大部分的光强,导致在2.23um左右出现一个反射谷。图4 MOS结构的电场分布最后,有相关需求欢迎联系我们来源:320科技工作室

未登录
还没有评论
课程
培训
服务
行家
VIP会员 学习 福利任务 兑换礼品
下载APP
联系我们
帮助与反馈