GROMACS安装方法
下面给大家总结了GROMACS串行的安装方法。假如对版本和安装配置无要求，若是ubuntu系统可直接在终端输入：
sudo apt install gromacs计算机会自动安装源里面能检测到的最新版本。
安装gcc （有些机器自带gcc，可输入which gcc查看，若有就无需安装；若是ubuntu系统，可直接输入sudo apt install gcc 安装）。
下载gcc安装包，可输入下面命令直接下载，也可以用浏览器打开网址下载后上传至linux系统：
wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-4.8.2/gcc-4.8.2.tar.bz2tar xvf gcc-4.8.2.tar.bz2cd gcc-4.8.2./contrib/download_prerequisitesmkdir buildcd build../configure --prefix=/opt/gcc-4.8.2 --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-languages=c,c++,fortranmakemake install
--prefix=/opt/gcc-4.8.2 为指定安装目录，若无权限，则更改为有权限的目录.
配置环境变量
安装完成后设置环境变量(打开 /etc/profile ，添加下列内容)，然后source /etc/profile 后才起作用：
export PATH=/opt/gcc-4.8.2/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-4.8.2/lib:$LD_LIBRARY_PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-4.8.2/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
安装fftw
下载fftw安装包，可输入下面命令直接下载，也可以用浏览器打开网址下载后上传至linux系统：
wget http://fftw.org/fftw-3.3.4.tar.gztar xvf fftw-3.3.4.tar.gzcd fftw-3.3.4./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.4 --enable-float --enable-sharedmakemake install
下载cmake安装包，可输入下面命令直接下载，也可以用浏览器打开网址下载后上传至linux系统：
wget http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.12.2.tar.gztar xvf cmake-2.8.12.2.tar.gzcd cmake-2.8.12.2./configure --prefix=/opt/cmake-2.8.12.2gmakegmake install
(上诉可改gmake为cmake)
安装完成后设置环境变量(打开 /etc/profile ，添加下列内容)，然后source /etc/profile 后才起作用：
export PATH=/opt/cmake-2.8.12.2/bin/:$PATH安装gromacs
下载gromacs安装包，可输入下面命令直接下载，也可以用浏览器打开网址下载后上传至linux系统（自由下载想要的版本）：
wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-5.0.2.tar.gztar xvf gromacs-5.0.2.tar.gzcd gromacs-5.0.2mkdir buildcd buildcmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.0.2 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw-3.3.4/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/opt/fftw-3.3.4/include/" -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/gcc-4.8.2/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/opt/gcc-4.8.2/bin/g++
注：如果需要跨节点计算加上-DGMX_MPI=on，需要GPU支持加上-DGMX_GPU=on，需要提前配置好mpi和cuda环境。如果用的CPU比较新，编译器版本又比较老，比如RHEL6自带的，这一步可能会报错提示说编译器不支持AVX2指令集，此时应当再加上-DGMX_SIMD=AVX_256来强制用AVX1指令集）
makemake install
配置环境变量
安装完成后设置环境变量(打开 /etc/profile ，添加下列内容)，然后source /etc/profile 后才起作用：
export PATH=/opt/gromacs-5.0.2/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/opt/gromacs-5.0.2/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
测试，验证安装成功
输入gmx回车后有版本号等gromacs相关信息出现，说明安装成功了。
