如何添加力场中不支持（没有）的离子
当我们的体系中含有某种离子的时候，恰好选用的力场里面又不包含此离子的参数，程序就会报如下类似的错误：Atomtype ** not found出现这样的情况就得自己添加相应离子的参数到力场的文件中。由于gromacs可以支持多种力场，这里只选择其中的amber99s b力场来作为例子。其他力场都是相同的修改方法，因为gromacs调用力场时候，都是会调用到下面两个文件：ffbonded.itp 和 ffnonbonded.itpffbonded.itp文件里面保存了成键的参数，比如键长及其力常数，键角及其力常数等等，由于我们添加的离子是不成键的，所以不需要修改这里面。ffnonbonded.itp文件里面保存了非键的参数，主要内容是LJ势函数的参数，如下：所以需要找到相应离子的sigma和epsilon的值，按照上面的格式把这些信息加入ffnonbonded.itp文件即可。注意：sigma的单位是：nm，epsilon的单位是：kJ/mol。有些力场不是此数学形式，所以一定要注意别人用的参数具体是对应什么表达式的，然后通过一定的换算，得出适合自己力场的参数。比如有些力场用的是下面这种形式：修改完ffnonbonded.itp之后，接着要在ions.itp文件里面添加离子，当使用命令添加离子时候，程序才能识别。ions.itp内容如下：按照里面的格式，添加自己想要的离子即可。注意，[ moleculetype ] 字段下面的名字，必须要和添加在ffnonbonded.itp文件里面的名字一样。
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首次发布时间：2024-09-06
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