Gromacs必备Linux基础命令
cd
功能说明：切换目录
语 法：cd <name>
cd /path/name/cd / 转换到根目录cd ~ 转换到家目录（即/home/name/）cd ../ 转换到上一级目录cd - 转换到上一次cd前所在的目录
pwd
功能说明：显示工作目录绝对路径
语 法：pwd
pwd/ 根目录~ 家目录./ 当前目录../ 上一级目录
ls
功能说明：列出目录内容
语 法：ls [-alhtr] <file/name>
参 数：
-a 显示目录下所有文件和目录（显示隐藏文件和目录）。
-l 显示文件/目录详细信息，每行显示一个文件/目录。
-h 文件大小按’K’，’M’，’G’，来显示（需要加 -l 参数）。
-t 用文件和目录的更改时间排序。
-r 反向排序
ls -a namels -lh namels -ltr name
mkdir
功能说明：创建目录
语 法：mkdir [-p] <dir1 [dir2 …]>
参 数：
-p 若所要建立目录的上层目录目前尚未建立，则会一并建立上层目录。
mkdir dirmkdir -p new/dir
rmdir
功能说明：删除（空）目录
语 法：rmdir [-p] <dir1 [dir2…]>
参 数：
-p 删除指定目录后，若该目录的上层目录已变成空目录，则将其一并删除。
rmdir testdirrmdir -p childdir
rm
功能说明：删除一个文件或者目录。
语 法：rm [options] name...
参 数：
-i 删除前逐一询问确认。
-f 即使原档案属性设为唯读，亦直接删除，无需逐一确认。
-r 将目录及以下之档案亦逐一删除
rm -rf test/ 删除目录test，不管该目录下是否有子目录或文件，都直接删除rm -rf test.txt 删除文件testrm -rf * 删除当前目录下的所有文件及目录
touch
功能说明：创建一个空文件或者更改文件修改时间
语 法：touch <filename>
touch file #创建一个名为file的空文件cp
功能说明：复 制文件或目录
语 法：cp [-r] <source file/dirname> < destination file/dirname>
参 数：
-r/-R 将一个目录及目录内所有文件复 制到另一个目录
cp file1 file2 #将file1复 制并重命名为file2cp file1 file2 dirname/ #将file1，file2复 制到一个目录下cp -r dir1 dir2 #若dir2已存在，dir1复 制到dir2下，若不存在，dir1复 制并重命名为dir2
mv
功能说明：移动或更名现有的文件或目录。
语 法：mv <source file/dirname>
mv file1 file2 #将file1重命名为file2mv file1 file2 dirname/ #将file1，file2移动到dirname/目录下mv dir1 dir2 #若目录dir2已存在，dir1移动到dir2下，若dir2不存在，dir1移动并重命名为dir2
less
功能说明：查看文件内容
语 法：less [-SN] <file1 [file2 …]>
参 数：
-S 每行不显示长于屏幕宽度的字符（默认显示在下一行）
-N 显示行号
less -S fileless -SN file#使用less 打开文件后，使用ctrl+u向上翻页，ctrl+d向下翻页# /pattern可以进行向下匹配查找# ?pattern可以进行向上匹配查找# 使用“q”退出
tail
功能说明：显示文件末尾部分
语 法：tail [-n] <file1 [file2…]>
参 数：
-n
tail file #显示file文件的末尾10行的内容tail -n 100 file #显示file文件末尾100行的内容
cat
功能说明：将文件连接后显示到标准输出（或使用“>”重定向到其他文件）
语 法：cat [-n] <file [file2…]> [> newfile]
参 数：
-n 在文件内容前加行号显示
cat file #将file文件的内容显示到屏幕。cat -n file > newfile #将file内容加行号后重定向到newfile中。cat file1 file2 > newfile #将file1和file2的内容重定向到newfile。cat file1 file2 >> file #将file1和file2的内容追加到file文件的末尾。cat > filenew word #生成file文件并将“new word”添加到文件中。
ln
功能说明：链接目录或文件
语 法：ln [-s] <source file/dirname> [file/dirname]
参 数：
-s 对目标文件进行符号链接而非硬链接
ln -s file1 file2 #将file1链接为file2ln -s file1 file2 dirname/ #将file1和file2链接到dirname/下
tar
功能说明：用来建立，还原备份文件，它可以加入，解开备份文件内的文件
语 法：tar -f[cxzjv] <file>
参 数：
-f 必加参数
-c 创建备份文件
-x 从备份文件中还原文件
-z 调用gzip/gunzip来压缩/解压缩文件
-j 调用bzip2/bunzip2来压缩/解压缩文件
-v 显示命令执行过程
tar -cf newfile.tar file1 file2 #将file1，file2文件打包到newfile.tartar -xf newfile.tar #提取newfile.tar中的文件tar -czvf newfile.tar.gz file1 file2 #将file1，file2文件打包并调用gzip程序将文件压缩为 newfile.tar.gztar -xzvf newfile.tar.gz #将newfile.tar.gz文件解压并提取里边的文件
zip
功能说明：压缩并生成“.zip”结尾的文件
语 法：zip [-r] <newfile.zip> <sourcefile/dir>
参 数：
-r 将子目录下所有文件和目录一并处理
zip -r test.zip dir/ #将指定目录/dir压缩成test.zip文件unzip
功能说明：解压zip文件
语 法：unzip <newfile.zip>
参 数：
-o 不必先询问用户，unzip执行后覆盖原有的文件；
-P [密码] 使用zip的密码选项；
-q 执行时不显示任何信息；
-d [目录] 指定文件解压缩后所要存储的目录；
unzip test.zip #解压test文件gzip
功能说明：压缩并生成“.gz”结尾的文件
语 法：gzip [-r] <file/dirname>
参 数：
-r 递归压缩指定目录下以及子目录下的所有文件
-c 将压缩数据输出到标准输出中，并保留源文件。
-d 对压缩文件进行解压缩。
-v 对于每个压缩和解压缩的文件，显示相应的文件名和压缩比。
gzip file #压缩为file.gz并会删除源文件sort
功能说明：将文本文件内容进行排序
语 法：sort [-nkr] <filename>
参 数：
-n/-g 将文件按数值大小从小到大排序（默认按ascii码从小到大排序）
-k
sort file #对file文件按第一列内容ascii码值从小到大排序并输出。sort -n -k 3 file #对file文件按第3列内容数值大小从小到大排序。sort -nr -k1,2 file #对file文件按数值大小反向排序，优先考虑第一列，再考虑第二
grep
功能说明：查找文件中符合条件的行
语 法：grep [options]
-c 只输出匹配行的计数。
-i 不区分大小写。
-h 查询多文件时不显示文件名。
-l 查询多文件时只输出包含匹配字符的文件名。
-n 显示匹配行及 行号。
-s 不显示不存在或无匹配文本的错误信息。
-v 显示不包含匹配文本的所有行。
--color=auto 可以将找到的关键词部分加上颜色的显示
grep hello file #查找文件中含有“hello”的行grep -v hello file #查找文件中不含有“hello”的ps aux | grep java #查询Java进程
find
功能说明：查找文件
语 法：find [path] -option
详细说明：
-name <filename> 按文件名查找
-perm <mode> 按文件权限查找
-user <user name> 按文件所有者查找
-group <group name> 按文件所在组查找
find./ -name file #在当前目录及其子目录下查找文件名为file的文件find ./ -name ‘*a’ -type d #寻找文件名以a结尾的目录文件。
