生成小分子力场TOP（ITP）文件(三)：生成Amber(GAFF)力场
1、 使用Gaussian和AmberTools工具
1.1 用GaussView建立分子结构图，保存为gjf文件，然后用高斯优化其分子结构。计算方法和基组根据分子特点以及计算能力选择，如：
#p opt b3lyp/6-31g(d,p)1.2 将优化好结构的分子.log文件，用GaussView打开，存为新的.gjf文件，用以拟合RESP电荷，计算方法和基组为：
#p HF/6-311g(d,p) Pop=MK Iop(6/33=2,6/41=10,6/42=17)优化和RESP计算分开计算，先优化结构，再做resp计算。优化可以用B3LYP或者别的泛函，但拟合RESP电荷用的静电势应当在HF下计算，原因是此级别高估偶极矩，被认为可以等效体现溶剂效应。
1.3 把上一步高斯生成的log文件传到linux系统工作目录，然后新建一个shell脚本文件（任意名字，如：get_top.sh），把下面内容复 制到此shell脚本里：
NAME=**.logRES=**antechamber -i $NAME -fi gout -o $RES.mol2 -fo mol2 -c respparmchk2 -i $RES.mol2 -f mol2 -o $RES.frcmodecho "source oldff/leaprc.ff99SB" > tleap.inecho "source leaprc.gaff" >> tleap.inecho "MOL=loadmol2 $RES.mol2" >> tleap.inecho "check MOL" >> tleap.inecho "loadamberparams $RES.frcmod" >> tleap.inecho "saveamberparm MOL prmtop $RES.inpcrd" >> tleap.inecho "quit" >> tleap.intleap -f tleap.insed -e "s/MOL/$RES/" prmtop > $RES.prmtop./amb2gmx.py -p $RES.prmtop -x $RES.inpcrdrm ANTECH* ATOM* esout leap.log punch $RES.prmtop qout QOUT tleap.inrm $RES.prmtop $RES.inpcrd
注意：此脚本是基于AmberTools18版本，若使用的是低版本，需视情况修改如下：
parmchk2 -i $RES.mol2 -f mol2 -o $RES.frcmod修改为：
parmchk -i $RES.mol2 -f mol2 -o $RES.frcmodecho "source oldff/leaprc.ff99SB" > tleap.in修改为：
echo "source leaprc.ff99SB" > tleap.in另外运行脚本之前修改NAME和RES后面的名称，即：
NAME=**.log ;
此处的**.log为上一步高斯生成的log文件
RES=** ;
此处的**为这个分子的残基名，一般为3-5位大写字母，如：MOL，DRG等（也可随意命名，不超过五个字符）
1.4 上传amb2gmx.py脚本到当前路径下，然后赋予其可执行权限：
chmod +x amb2gmx.py文件字体变成绿色，即可执行
1.5 确保log、amb2gmx.py和get_top.sh在同一个目录下后，运行：
sh get_top.sh即可得到amber力场的top和gromacs的gro格式的分子。后期做模拟用这两个文件即可。（若不会安装高斯、Ambertools，以及获取上诉所用到的文件，请加入“模拟之家”官方QQ群:709020941，或关注“模拟之家”微 信公 众号咨询）
2、 只使用AmberTools工具
2.1 使用pymol、vmd等工具构建目标小分子的pdb结构
2.2 把pdb文件传到linux系统工作目录，然后新建一个shell脚本文件（任意名字，如：get_top.sh），把下面内容复 制到此shell脚本里：
mol=**antechamber -i $mol.pdb -fi pdb -o $mol.mol2 -fo mol2 -c bcc -at amber -pf yparmchk2 -i $mol.mol2 -f mol2 -o $mol.modecho "source oldff/leaprc.ff99SBildn" > tleap.inecho "loadamberparams $mol.mod" tleap.inecho "mol=loadmol2 $mol.mol2" tleap.inecho "check mol" tleap.inecho "saveamberparm mol $mol.prm $mol.crd" tleap.inecho "quit" tleap.intleap -f tleap.inacpype -p $mol.prm -x $mol.crd -d
注意：此脚本是基于AmberTools18版本，若使用的是低版本，需视情况修改如下：
parmchk2 -i $RES.mol2 -f mol2 -o $RES.frcmod修改为：
parmchk -i $RES.mol2 -f mol2 -o $RES.frcmodecho "source oldff/leaprc.ff99SB" > tleap.in修改为：
echo "source leaprc.ff99SB" > tleap.in另外运行脚本之前修改mol后面的名称，即：
mol=** ;
**为所创建pdb结构的名称，注意只需要名称即可，不需要带.pdb后缀。
2.3 确保pdb和get_top.sh在同一个目录下后，运行：
sh get_top.sh即可得到amber力场的top和gromacs的gro格式的分子。后期做模拟用这两个文件即可。此方法虽然较上一个方法简单，但是对于某些具有不同多重度的小分子来说，新手可能会犯错。所以视情况采用某种方法。
