利用Pymol软件给缺失了部分氨基酸的蛋白补全氨基酸
在处理蛋白的过程中经常遇到部分氨基酸残基缺失的蛋白，这里要用到的一个蛋白14-3-3σ蛋白，其晶体结构有多种，可是需要使用的一个晶体结构1YWT，在该晶体结构中缺失的氨基酸残基情况为A链缺失了71-78部分，而B链缺失了70-78部分。这里选择了A链作为将要补全的链。为了通过Pymol来补全，这里介绍的方法的前提是需要有一个相同蛋白的晶体结构没有缺失该部分，如这里就要找到一个14-3-3σ蛋白的晶体结构，其中的71-78部分并没有缺失。这里发现3LW1晶体结构其中14-3-3σ蛋白只缺失了138这一个氨基酸残基，所以可以选择它为补全模版。
使用Pymol软件打开需要补全的pdb文件，如这里的1ywtA.pdb，然后使用文件—打开，打开模版结构3LW1。当在同一个窗口打开了两个pdb文件之后可以看到当前视野里面只显示了一个结构，这个是因为两个结构在坐标上的差异，而Pymol软件默认是以最新打开的分子结构为中心。
为了能够调整两个结构到同一个坐标体系，这个时候就需要使用Pymol软件中的align命令了，也可以使用鼠标来实现。选中需要被align的结构，在A选项的下拉选项卡中选择align，并依次选择“align—to molecule—1ywtA”。这样就成功的将模板坐标和需要补全的分子结构调整到了同一个坐标体系。
不过由于Pymol的中心停留在模版的视野，这个时候需要将需要补全的分子结构调整到视野中心来。通过选择需要补全蛋白的A下拉菜单的center将整个视野调整到补全分子结构上来。这样就可以看到在同一个坐标体系的分子结构了。
这个时候需要将模版蛋白分子重新保存出来，注意保留align之后的分子结构。通过“File—Save Molecule…”打开分子结构保存窗口。在该窗口选择3lw1之后选择“OK”开始保存，在随后的窗口中设置保存文件的文件名和保存的位置，以及保存文件的格式，推荐使用pdb文件格式。
在弹出的窗口设置保存的文件名，这里由于3lw1A.pdb文件已经存在了，请不要使用默认的文件名，更换一个容易识别的文件名，如3lw1Aln.pdb。这样就成功的保存了和补全分子在同一坐标系的模版分子，文件名为3lw1Aln.pdb。将文件3lw1Aln.pdb.pdb中的71-78部分的残基信息复 制到文件1ywtA.pdb相应的位置上去，并另存为1ywtAMod.pdb即可。这样1ywtAMod.pdb文件中就是完整蛋白的结构了。
