GROMACS分析命令（二）：do_dssp计算蛋白二级结构

GROMACS程序调用第三方软件 DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好 DSSP 软件。安装 DSSP 完毕后(/home/user/soft/bin/dssp)，在 shell 中定义 DSSP 变量：

setenv DSSP /home/user/soft/bin/dssp

如果使用 bash，则：

 export DSSP='/home/user/soft/bin/dssp'

可将该变量直接加到 shell 的配置文件中。程序输出文件为 .xpm 文件，该文件其实是一个文本文件，可以一般文本编辑器打开。文件中用不同字符表示蛋白质每一个残基属于什么二级结构，并随时间变化，同时定义每个字符的颜色。.xpm 文件可视化有一点麻烦，Gromacs 的另外一个程序 xpm2ps 可以将其转化为 PostScript 文件，为 .eps 文件后缀，可以直接打开或直接使用到 Latex 文件中。

do_dssp可以统计属于某二级结构类型的残基数目，“-sss” 参数用于选择二级结构类型，“-sc“ 参数则把统计结果输出到 scount.xvg 文件中（其实这个文件包含了所有不同二级结构氨基酸残基数目，可以用 xmgrace 的 “-nxy” 参数打开）。本程序还可以计算每一个残基的溶液可及化面积(Solvent Accesible Surface, SAS)，以绝对平方埃（A^2)表示，或者最大 SAS 面积的分数表示（最大 SAS 定义为该一残基在甘氨酸链中的 SAS 面积）。Gromacs 另外一个程序 g_sas 也可以求取 SAS， 效率较高并且相对简单。程序同时可以使用输出一个 ssdump.dat 文件。该文件包含了各个残基的二级结构信息，可以被另外一个程序 g_chi 使用，以分析残基直接二面角性质与二级结构直接的关系。（其实这个文件就是一个文本文件，里面用字符代表残基的二级结构，如 H 表示螺旋，B 表示折叠等。）

程序输入输出文件：

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-f:

轨迹文件，xtc、trr等。

-s :

模拟系统 tpr 文件。

-n:

索引文件。

-ssdump:

输出 ssdump.dat 文件。

-map:

程序输出 xmp 文件的原色库文件，如无则默认输出。（让其默认挺好的啦）

-o:

输出文件，xmp 文件。各个残基属于某二级结构信息并随模拟时间变化。

-sc:

统计某二级结构残基数目，输出文件 scount.xvg。

-a:

各个残基的溶液可及化面积，xmp文件。

-ta:

总可及化面积，包括疏水和亲水面积，xvg 文件。

-aa：

平均可及化面积，xvg 文件。其他参数：

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-b:

指定开始统计时间帧。

-e:

指定结束统计时间帧。（“-b” 和 “-e” 可以用来读取轨迹中某一时间断的信息。）

-dt:

指定读取帧的时间间隔。

-tu:

设定输出时间单位。

-w:

统计结束，自动打开输出文件。

-xvgr:

在输出 xvg 文件中添加其他信息，坐标标题等。

-sss:

设定统计二级结构类型。