DeepView使用

DeepView (曾经叫做 Swiss-PdbViewer), 也叫 DV或SPV，是一种界面友好，基于计算机应用，功能强大的三维图形软件工具。它是由瑞士日内瓦分子生物服务器的ExPASy设计的，生物学家可以通过英特网从该服务器免费获得。

一．Overview Swiss-Pdb Viewer又叫 Deep View. 它的功能如下：

a.显示和分析生物大分子（protein）的结构与图解 

b.给予一段氨基酸序列，从头建立蛋白质结构模型 

c.找出并显示蛋白质中、蛋白质间、基团间的氢键 

d.通过检晶仪检测电子密度图，判断电子密度图谱和模型的质量，从而可以确 定蛋白质模型中许多普通类型的缺陷 

e.同时显示分析多个蛋白质的 3D 结构和序列

f.计算氨基酸残基的静电力和分子表面携带的最小自由能。 

g.对序列已知结构未知的蛋白质， Deep View 会将氨基酸序列递交给 ExPASY , 通过找到同源序列进行比对，将比对结果通过 ExPASY 递交给 SwissModel，做出同源模型。

二．Getting Started 

载入一个蛋白质分子的方法有以下几种：

a.可以直接在菜单 file→open PDB file 

b.也可以在打开PdbViewer之后再直接把pdb文件拖进去即可 

c.另外也可以通过快捷键ctrl+o打开pdb文件 

d.在菜单file最下面的最近使用的pdb文件中直接打开 

e.在菜单file中点击Import,出现对话框，在Name栏中键入PDB ID，如“1HEW”，点击“Grabfrom SERVER”下面的“PDBFile”，模型就会以棍状形式出现。从这里我们可以看出，载入一个蛋白分子 ，不仅可以使用 PDB ID, 还可以使用 ExPDB ID,SwissModel中的编号，Uppsala EDS中的电子密度图编号，pubchem CID，Uniprot和 GenBank中的序列号等。 

保存PDB文件：

a.可以通过file →Save→Current Layer(Ctrl+S) 保存在显示窗口 活动的蛋白分子的PDB 文件。

b.Project(shift+ctrl+S)保存所有同时打开显示的蛋白质分子。

c.Save selected residues of CurrentLayer保存被选择的氨基酸残基。

d.还可以保存蛋白序列的fasta格式和当前蛋白质的图像。

e.保存不同蛋白间的序列比对结果。

f.同时可以修改默认的参数以更好的显示分子图像。