Gromacs如何调用GPU加速计算
一、单节点使用多块GPU
我拥有1个节点cn01，每个节点配有一块CPU（6核），两块GPU。
启用1个mpi进程 1个GPU
mpirun -n 1 gmx_mpi mdrun -ntomp 6 -gpi_id 1启用2个mpi进程 1个GPU(要写两次)
mpirun -n 2 gmx_mpi mdrun -ntomp 3 -gpi_id 00 （用gpu 0)或者
mpirun -n 2 gmx_mpi mdrun -ntomp 3 -gpi_id 11 （用gpu 1）启用2个mpi进程 2个GPU
mpirun -n 2 gmx_mpi mdrun -ntomp 3 -gpi_id 01二、跨节点使用GPU
我拥有2个节点cn01,cn02。每个节点配有一块CPU（6核），一块GPU。
启用2个MPI进程，每个节点1个MPI进程，每个节点启用1块GPU
编写hostlist文件：
cn01:1cn02:1
执行：
mpirun -n 2 -f hostlist gmx_mpi mdrun -ntomp 6或者
mpirun -n 2 -f hostlist gmx_mpi mdrun -ntomp 6 -gpu_id 0或者
export GMX_GPU_ID=0mpirun -n 2 -f hostlist gmx_mpi mdrun -ntomp 6
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首次发布时间：2024-09-08
最近编辑：1月前
博士
分子动力学、GROMACS
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