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linux版本vmd安装方法

刘十三613

16天前浏览1382

做计算模拟，免不了要用到vmd这款非常强大的工具，为了避免在win和linux两个系统之间来回切换，可以直接安装linux版本的vmd，在命令窗口直接运行vmd **.gro 等类似命令，即可打开可视化文件。下面是安装方法。

1. 下载安装包

下载地址:

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

选择适合自己系统的安装包。（我下载的安装包是：vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz）

2. 解压缩包

tar  -zxvf  vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz

当前目录下会生成vmd-1.9.1文件夹

3. 进入目录配置

cd vmd-1.9.1./configure LINUXAMD64（系统没有提示）./configure

系统提示：

using configure.options:LINUXAMD64

注：如果不执行./configure LINUXAMD64，直接执行./configure系统会报错：

LINUX OPENGL FLTK TK ACTC IMD SPACEBALL LIBTACHYON VRPN NETCDF TCL PYTHON PTHREADS NUMPY SILENT

4. 编译

cd srcmake install

5. 修改环境变量

VMD默认安装在/usr/local/bin下，所以修改~/.bashrc文件，把/usr/local/bin加入到PATH中，并且source ~/.bashrc确保修改生效

6、运行 vmd

在终端直接输入vmd之后回车即可。

若运行后出现

rlwrap: No match.

打开：/usr/local/bin/vmd

vi  /usr/local/bin/vmd

修改里面内容留下：

set vmdprefixcmd=""

删除：

if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then  set rlwrap=`which rlwrap`  if ( -x "$rlwrap" ) then    if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "    else      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "    endif  endifendif

7．若没有root权限，修改安装目录，再运行2-6步，方法如下：

（1）解压，得到vmd-1.9.1文件夹，进入文件夹

（2）用vi打开configure文件，将安装路径设置为自己的路径，具体如下：

# Directory where VMD startup script is installed, should be in users' paths.$install_bin_dir="/home /softwares/VMD/vmd-1.9.1/bin"; （根据需要自己修改路径）# Directory where VMD files and executables are installed$install_library_dir="/home /softwares/VMD/vmd-1.9.1/lib/$install_name";（和上面修改路径保持统一）

8．若提示缺少库libGLU.so.1，运行下面命令：

ubuntu系统：

sudo apt-get install libglu1

centos系统：

yum install libglu1

来源：模拟之家

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首次发布时间：2024-08-28

最近编辑：16天前

刘十三613

博士分子动力学、GROMACS

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