LigPlot显示对接后配体与受体相互作用的二维图

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通过LigPlot 软件制作蛋白质分子与配体分子相互作用图像，点击菜单栏“File-Open-PDB file”打开PDB文件打开窗口。（获取LigPlot安装包和手册，可加入“模拟之家”QQ群（709020941），在群文件处获取。）

在PDB打开窗口中输入4位数的pdb编码，在点击“OK”之后，程序会自动根据之前设置的路径去寻找pdb文件，查找的顺序会依据设定的顺序依次去寻找，如我这里设置的优先在C:/data/pdbsum/pdb/路径下寻找pdb[abcd].ent.gz文件，其中abcd是pdb文件的编号。如果在该文件里面没有找到就会到下面的一条目录下去寻找，如这里的：

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/rcsb/pdb-remediated/data/structures/divided/pdb/[bc]/pdb[abcd].ent.gz

该地址为RCSB的pdb数据库ftp地址。

除了自己查找到pdb文件，如果已经下载好了pdb文件之后也可以直接打开本地的pdb文件，在pdb打开窗口点击“Browse”打开本地目录，找到自己pdb文件目录，如此就可以直接打开本地的pdb文件了。

通过以上任何一种方式加载了pdb文件之后就可以在页面上看到配体分子和金属离子等，这里就以1a95文件为例，显示如下图：

通过点击“LIGPLOT”，“DIMPLOT”，“Antibody”标签切换需要使用的程序，其中“LIGPLOT”程序是用来绘制蛋白和配体之间相互作用，使用该程序的时候首先需要选择想绘图的配体分子，可以通过在“residue range”窗口输入残基范围。残基范围可以通过以下方式来输入：

18 20 A 表示从18号残基到20号残基，选择的残基来自于A链。如果没有设置链，则在选择的时候会忽略链，而是选择所有链中的对应残基。

NAG 18 MAN 20 A 表示残基名，残基序号，链编号。

如果计算的时候要包括水分子的话需要选择下方的“Include waters”。如果选中“Filter waters”则表示仅仅包含那些与配体分子至少形成了两个氢键，或者在配体分子与蛋白质分子之间形成桥键的水分子。这些将移除仅仅与水分子相互作用的水分子，或者只和蛋白质分子有相互作用的水分子。

当设置成功之后点击“Run”开始绘制图像，生成蛋白质分子与配体分子之间的相互作用图像。如果绘制过程成功之后如下图所示，图像中显示了PCP 301配体分子在1a95中的相互作用情况。

到这里一个简单的蛋白质分子与配体分子的相互作用图像就绘制成功了。

LigPlot自动绘图使用参数设定

在打开LigPlot 软件之后，通过菜单栏的编辑下面的运行参数设定来打开设置窗口，“Edit-Runtime parameters”。

在LigPlot 软件中，关于参数设定主要是针对氢键而言，所以在这里也主要是HBPLUS模块参数的设定，该模块是对分子间氢键相互作用的计算。主要设置选项有H-A键长，D-A键长，其中H表示氢键中的氢原子，D表示氢键中的氢键给体，A表示氢键中的氢键受体。其中A和D是两个电负性比较大的原子，而H是连接在 D上面的氢原子。在通常情况下我们认为D-A之间的距离小于3.0Å即可认为有氢键形成。这里的默认值为3.35Å。